1995年毕业于西北大学生物学系，2000年在中国科学院植物研究所获博士学位并留所工作，历任助理研究员、副研究员、研究员，2002至2004年在美国宾夕法尼亚州立大学进行合作研究。现任系统与进化植物学国家重点实验室主任、标本馆馆长，兼任中国科学院大学岗位教授、中国植物学会副秘书长、常务理事、系统与进化植物学专业委员会主任和青年工作委员会主任。主要从事植物系统学、进化发育生物学和调控基因组学研究，在“重复基因的结构和表达分化”、“花发育调控网络的进化”、“花基本结构起源和多样化的分子机制”及“花瓣发育、进化和缺失的分子机制”等研究中取得了重要进展，以第一或通讯作者在PNAS（3篇）、Nature子刊（3篇）、The Plant Cell（2篇）和Molecular Biology and Evolution（2篇）等刊物上发表论文近50篇，以合作者在Science、Nature和PNAS等刊物上发表论文40余篇。曾主持国家自然科学基金之青年科学基金项目、主任基金项目、面上项目（2项）、重点项目（3项）、重大研究计划集成项目和创新研究群体项目，以及中国科学院知识创新工程重要方向项目、科技创新交叉与合作团队项目、基础前沿科学研究计划从0到1原始创新项目和王宽诚率先人才计划卢嘉锡国际团队项目。被Molecular Biology and Evolution（2015-2019）、New Phytologist（2010至今）、Journal of Integrative Plant Biology（2020至今）、Frontiers in Plant Science（2016至今）、Journal of Genetics and Genomics（2013-2019）、Journal of Systematics and Evolution（2008至今）、《植物学报》（2009-2018）、《生物多样性》（2009至今）和《科技导报》（2014至今）等刊物聘为Editor、Associate Editor、副主编或编委。曾获“国家杰出青年科学基金”资助，入选科技部“中青年科技创新领军人才”和“国家百千万人才工程”，获“中国科学院青年科学家奖”、“中国青年科技奖”和首届“吴征镒植物学奖”之“青年创新奖”。
主要研究领域：
1．植物进化发育生物学
采用进化生物学、发育生物学、分子遗传学、基因组学、计算机模拟和生态学研究手段，揭示植物新性状（特别是花部性状）起源和多样化的分子机制。近年来关注的科学问题包括：1）花和花器官起源和多样化的原因和机制；2）叶性器官形态和结构复杂化和多样化的动因和机制；3）植物器官复杂着色模式形成的分子机制；4）花瓣蜜距起源和多样化的分子机制。
2．基因、基因家族和调控网络的进化
利用分子进化和生物信息学研究手段，在基因组层面上研究重要核基因家族起源和演变的过程和规律，揭示相关调控网络起源、维持和多样化的机制。近年来关注的科学问题包括：1）花发育调控网络进化的过程和规律；2）重复基因结构和表达分化的模式、规律和机制。
3．植物系统学和分子生物地理学
在形态学（广义）、解剖学、细胞学和分子系统学研究的基础上，重建重要植物类群的进化历史，并结合植物地理学和古生物、古地理和古气候的资料，探讨其起源、演化和分布过程。曾对金粟兰科植物进行了较为深入的研究，近年来主要关注毛茛目（特别是毛茛科）植物。
1991.09–1995.07 西北大学生物学系，获学士学位
1995.09–2000.07 中国科学院植物研究所，获博士学位
2000.08–2003.05 中国科学院植物研究所，助理研究员
2002.04–2004.10 美国宾夕法尼亚州立大学，访问博士后
2003.06–2006.12 中国科学院植物研究所，副研究员
2006.12–今 中国科学院植物研究所，研究员
2007.06–今 中国科学院植物研究所，博士生导师
2008.07–今 进化发育与调控基因组学责任研究组，组长
2011.08–今 系统与进化植物学国家重点实验室，副主任、主任
2012.11–今 系统学与进化发育研究群，领衔科学家
现任中国植物学会副秘书长、系统与进化植物学专业委员会主任，Front Plant Sci 和《生物多样性》副主编，New Phytol、J Integr Plant Biol和《科技导报》编委。
国家自然科学基金委创新研究群体项目“植物新性状起源和适应性进化”（2023.01-2027.12）。
中国科学院王宽诚率先人才计划卢嘉锡国际团队项目“植物发育、分化与适应性进化国际团队”（2021.01-2023.12）。
国家自然科学基金委重点项目“毛茛科植物花瓣蜜距起源和多样化的分子机制研究”（2020.01-2024.12）。
中国科学院基础前沿科学研究计划从0到1原始创新项目“叶性器官形状和结构的复杂化和多样化：从数学模拟到分子机制的解析”（2019.09-2024.09）。
中国科学院战略性先导科技专项（B类）之子课题“花瓣形态和结构多样化的遗传基础”（2018.06-2023.05）。
国家自然科学基金委“微进化过程的多基因作用机制”重大研究计划之集成项目“新性状起源的分子机制和叠加效应研究——以黑种草属植物花瓣的表型复杂化为例”（2017.01- 2019.12）。
国家自然科学基金委重点项目“毛茛科植物花瓣形态和结构的适应性进化及其分子机制研究”（2014.01- 2018.12）。
中国科学院科技创新交叉与合作团队项目“Eco-Evo-Devo与Genomics创新团队”（2013.01-2015.12）。
国家杰出青年科学基金项目“植物进化与发育”（2012.01- 2015.12）。
科技部重大科学研究计划项目“植物减数分裂过程中染色体相互作用的分子机理”之课题“减数分裂共性和特性的分子基础”（2011.01-2015.08）。
国家自然科学基金委面上项目“重复基因在编码区分化的机制及其进化意义的研究”（2010.01-2012.12）。
中国科学院知识创新工程重要方向项目“花部性状发育和演化的遗传调控及其分子机制”（2007.01-2010.12）。
国家自然科学基金委重点项目“基部真双子叶植物中A、B、C和E类MADS-box基因的进化”（2006.01-2009.12）。
中国科学院植物研究所领域前沿项目“植物进化过程中关键性状的进化发育遗传学研究”（2005.12-2008.11）。
国家自然科学基金委面上项目“金粟兰中5个MADS-box基因的功能与进化研究”（2005.01-2007.12）。
国家自然科学基金委创新研究群体项目“植物进化机制的进化发育生物学研究”之子课题“AP3类MADS-box基因的功能及其进化研究”（2005.01-2006.12）。
国家自然科学基金委主任基金项目“被子植物中最简单的花的发育与进化”（2002.05-2003.05）。
国家自然科学基金委青年科学基金项目“金粟兰科的系统发育和分子生物地理学研究”（2002.01-2004.12）。
| 硕 士 生 | ||||
| 姓 名 | 学 年 | 论 文 题 目 | 现 在 职 位 | 导 师 |
| 张 宁 | 2003- | AP1/SQUA类MADS-box基因的结 构、功能和进化研究 | 已转博 | 孔宏智 |
| 张 强 | 2004- | 金粟兰科的系统发育和分子生物地理学研究 | 已转博 | 孔宏智 |
| 徐桂霞 | 2005- | MADS-box基因的重复与结构和功能分化研究 | 已转博 | 孔宏智 |
| 薛皓月 | 2005- | 花发育调控网络中关键结点基因的进化 | 已毕业 | 孔宏智 |
| 边 珂 | 2006- | LEAFY基因的调控与进化研究 | 孔宏智 | |
| 国春策 | 2006- | 毛茛科植物花瓣的发育和演化研究 | 孔宏智 | |
| 李 安 | 2007- | 孔宏智 | ||
| 李 琳 | 2008- | 孔宏智 | ||
|
| ||||
| 博 士 生 | ||||
| 李贵生 | 2001-2005 | 金粟兰花器官特征基因CsAP1、CsAP3和CsSEP3的结构、功能和进化研究 | 中科院遗传所 助理研究员 | 路安民 孟 征 孔宏智 |
| 山红艳 | 2002-2006 | 三叶木通花发育相关基因的结构、功能和进化研究 | 中科院植物所 助理研究员 | 陈之端 孟 征 孔宏智 |
| 苏坤梅 | 2003-2007 | 金粟兰 中花发育相关基因的结构、功能和进化研究 | 天津工业大学 讲师 | 陈之端 孟 征 孔宏智 |
| 刘翠晶 | 2004-2008 | 领春木花发育相关基因的结构、功能和进化研究 | 吉林农业大学 讲师 | 陈之端 孔宏智 |
| 张 宁 | 2003- | AP1/SQUA类MADS-box基因的结构、功能和进化研究 | 陈之端 孔宏智 | |
| 张 强 | 2004- | 金粟兰科的系统发育和分子生物地理学研究 | 陈之端 孔宏智 | |
| 刘 杨 | 2006- | 花发育调控网络的进化动态研究 | 陈之端 孔宏智 | |
| 贾瑞冬 | 2006- | AGL6类MADS-box基因的进化研究 | 陈之端 孔宏智 | |
| 王 斌 | 2007- | C类和E类MADS-box基因的协同进化研究 | 孔宏智 | |
| 张 睿 | 2008- | 孔宏智 | ||
1. 花的进化发育遗传学
1）从十余种基部被子植物和基部真双子叶植物中分离得到了一百多个与花部器官发生和发育有关的MADS-box基因，分析了这些基因的序列结构，并对部分基因的表达模式、功能和在蛋白质水平上的相互作用进行了研究，发现基部被子植物和基部真双子叶植物中的基因比它们在核心真双子叶植物中的同源基因有更广的表达和功能范围，并结合形态学资料探讨了花部结构起源和早期分化的分子机理（The Plant Journal 2005, 43: 724-744; Development Genes and Evolution 2005, 215: 437-449; Development Genes and Evolution 2006, 216: 785-795）。
2）在对SEP类MADS-box基因的研究中，发现了几次分别与被子植物、核心真双子叶植物和禾本科植物起源有关的基因重复事件，鉴定和命名了两个结构上比较保守的蛋白质基元（即SEP1基元和SEP2基元），揭示了重复基因在序列结构、表达模式和功能上的异同，提出和确认了“被子植物、核心真双子叶植物和禾本科植物的起源可能与A、B、C和E类MADS-box基因的重复、结构改变和协同进化有关”的论点（Genetics 2005, 169: 2209-2223）。
3）在对AP1类MADS-box基因的研究中，从基部真双子叶植物中发现了一个能够通过可变剪接（alternative splicing）产生两种类型蛋白质的基因，澄清和纠正了前人在系统发育分析中的错误，命名了一个结构上比较保守的蛋白质基元（即FUL基元），并系统地总结和描述了该类基因在序列结构、表达模式和功能上的进化规律，提出了“基部被子植物和基部真双子叶植物中FUL型的AP1类MADS-box基因可能并不决定花被形成”的论点，探讨了可变剪接在基因结构和功能分化中的重要意义（Molecular Phylogenetics and Evolution 2007, 44: 26-41）。
4）深入研究了水稻中AP1、AP3、PI、AG、AGL11、AGL2和AGL9等七类MADS-box基因的进化历史，揭示了一些与基因组加倍和禾本科起源有关的基因重复事件，并发现内含子序列的外显子化（exonization）和外显子序列的假外显子化（pseudoexonization）是重复基因在编码区发生结构分化的基本式样（Journal of Integrative Plant Biology 2007, 49: 760-768）。
目前正在开展基部真双子叶植物花部结构的多样化机制和核心真双子叶植物花部结构的起源机制的研究。
2. 核基因家族和调控网络的进化
1）在对SKP1基因家族的研究中，发现真核生物、原生生物、真菌、动物、植物和被子植物的祖先中分别仅有一个基因拷贝，揭示了这些基因在进化速率上的高度异质性（rate heterogeneity），总结了进化速率与保守程度的相关性，并就如何提高分子系统发育和进化分析的可信度问题进行了深入探讨（Molecular Biology and Evolution 2004, 21: 117-128）。
2）对SKP1基因家族的进一步研究发现该类基因在被子植物中的进化是一个快速的“生与死（birth-and-death）”的过程，新基因产生的速率比平均水平高十倍以上，新基因产生的基本式样是串联重复（tandem duplication）和反转录转座（retroposition），而非片段重复（segmental duplication），这与在其他基因家族中报道的以串联重复和片段重复为主的情形是很不相同的（The Plant Journal 2007, 50: 873-885）。
3）在对Cyclin基因家族的研究中，发现和命名了4个植物特有的基因类型，并通过对序列结构、表达模式和系统发育的分析，揭示了所有10类基因结构变异和功能分化的基本格局，建立了系统发育的基本框架（Plant Physiology 2004, 135: 1084-1099）。
4）在对recA/RAD51基因家族的研究中，揭示出一次发生在古细菌和真核生物分化之前的基因重复事件和五次发生在真核生物起源之前的基因重复事件，不但澄清了各类基因间的系统发育关系，还发现植物中的recA基因可能是从蓝细菌和原细菌中经内共生性横向基因转移（endosymbiotic horizontal gene transfer）获得的（Proceedings of the National Academy of Sciences USA 2006, 103: 10328-10333）。
目前正在对与蛋白质降解、细胞周期和减数分裂等重要生命活动有关的基因和调控网络的进化进行研究。
3. 植物系统发育和分子生物地理学
1）在对形态性状的变异式样进行观察和分析的基础上，完成了金粟兰属植物的世界性分类修订，确认该属在全世界仅有10个种（博士学位论文; Acta Phytotaxonomica Sinica 2000, 38: 355-365）。
2）对草珊瑚属（Sarcandra）和金粟兰属（Chloranthus）植物进行了细胞分类学研究，发现了一些有重要分类学价值的染色体性状，并据此探讨了金粟兰科的属间关系以及金粟兰属的种间关系（Botanical Journal of the Linnean Society 2000, 132: 327-342）。
3）在光学显微镜和扫描电镜下对金粟兰科植物的叶表皮微形态进行了观察，发现、描述和报道了一系列新的形态学性状和解剖学性状（Botanical Journal of the Linnean Society 2001, 136: 281-296）。
4）对金粟兰属植物花部器官发生和发育的全过程进行了观察，澄清了该属植物雄蕊的形态学本质（Plant Systematics and Evolution 2002, 232: 181-188）。
5）利用多基因序列对金粟兰属植物进行了分子系统学研究，并结合其他方面的资料，提出了该属一个新的分类系统，阐明了该属植物雄蕊的起源和演化（Acta Botanica Sinica 2000, 42: 762-764; American Journal of Botany 2002, 89: 940-946）。
6）对东亚特有的星叶草属（Circaeaster，星叶草科）和羽叶点地梅属（Pomatosace，报春花科）进行了细胞分类学研究（Acta Phytotaxonomica Sinica 1997, 35: 494-499; Acta Phytotaxonomica Sinica 1999, 37: 445-450）。
研究论文（注*为通讯作者）
2023
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专著（注*为通讯作者）
02. [美] Futuyama D. J., 生物进化 (第3版), 葛颂, 顾红雅, 饶广远, 张德兴, 杨继, 孔宏智, 王宇飞, 译，2016. 高等教育出版社.
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位于北京西部香山脚下的中国科学院植物研究所是我国系统与进化生物学领域的第一个国家重点实验室
