个人简历

孔宏智

  • 职称:研究员
  • 出生地:陕西省凤翔县
  • 出生年月:1973年10月
  • 部门:系统与进化植物学国家重点实验室
  • 课题组:进化发育与调控基因组学研究组
  • 职务:系统与进化植物学国家重点实验室主任、标本馆馆长
  • 地 址: 北京市海淀区香山南辛村20号
  • 邮政编码: 100093
  • 电 话: (86)-10-62836489
  • 传 真: (86)-010-62836095
  • 电子邮件: hzkong@ibcas.ac.cn
个人简历
  1995年毕业于西北大学生物学系,2000年在中国科学院植物研究所获博士学位并留所工作,历任助理研究员、副研究员、研究员,2002至2004年在美国宾夕法尼亚州立大学进行合作研究。主要从事植物系统学、进化发育生物学和调控基因组学研究,在“重复基因的结构和表达分化”、“花发育调控网络的进化”、“花基本结构起源和多样化的分子机制”及“花瓣发育、进化和缺失的分子机制”等研究中取得了重要进展,以第一或通讯作者在PNAS(3篇)、Nature Plants(2篇)、Nature communications、Molecular Biology and Evolution(2篇)和The Plant Cell等刊物上发表论文40余篇,以合作者在Science、Nature、PNAS、Nature Communications、Molecular Biology and Evolution、The Plant Journal、Plant PhysiologyGenetics等刊物上发表论文40余篇。曾主持国家自然科学基金之青年科学基金项目、主任基金项目、面上项目(2项)、“国家杰出青年科学基金项目”、重点项目(3项)和重大研究计划集成项目,是中国科学院“知识创新工程重要方向项目”、“科技创新交叉与合作团队项目”“基础前沿科学研究计划从0到1原始创新项目”和“王宽诚率先人才计划卢嘉锡国际团队项目”的主持人和国家重大科学研究计划项目的课题负责人。被Molecular Biology and Evolution(2015-2019)、New Phytologist(2010至今)、Journal of Integrative Plant Biology(2020至今)、Frontiers in Plant Science(2014至今)、Journal of Genetics and Genomics(2013-2019)、Journal of Systematics and Evolution(2008至今)、《植物学报》(2009-2018)、《生物多样性》(2009至今)和《科技导报》(2014至今)等刊物聘为Editor、Associate Editor、副主编或编委。2011年获“国家杰出青年科学基金”资助,2012年获“中国科学院青年科学家奖”,2013年获“中国青年科技奖”,2014年入选科技部“中青年科技创新领军人才”并获“全国优秀科技工作者”荣誉称号,2016年入选国家“万人计划”科技创新领军人才,2017年获“吴征镒植物学奖”之“青年创新奖”并入选“国家百千万人才工程”。

  主要研究领域
  1.植物进化发育生物学
  采用进化生物学、发育生物学、分子遗传学和基因组学研究手段,揭示花部结构起源和多样化的分子机制。近年来关注的科学问题包括:1)花器官身份决定程序起源和多样化的原因和机制;2)叶性器官形态和结构复杂化和多样化的动因和机制;3)新性状起源的分子机制和叠加效应;4)花瓣蜜距起源和多样化的分子机制。
  2.基因、基因家族和调控网络的进化
  利用分子进化和生物信息学研究手段,在基因组层面上研究重要核基因家族起源和演变的过程和规律,揭示相关调控网络起源、维持和多样化的机制。近年来关注的科学问题包括:1)花发育调控网络进化的过程和规律;2)重复基因结构和表达分化的模式、规律和机制。
  3.植物系统学和分子生物地理学
  在形态学(广义)、解剖学、细胞学和分子系统学研究的基础上,重建重要植物类群的进化历史,并结合植物地理学和古生物、古地理和古气候的资料,探讨其起源、演化和分布过程。曾对金粟兰科植物进行了较为深入的研究,近年来主要关注毛茛目(特别是毛茛科)。
主要经历

    1991.09–1995.07   西北大学生物学系,获学士学位

    1995.09–2000.07   中国科学院植物研究所,获博士学位

    2000.08–2003.05   中国科学院植物研究所,助理研究员

    2002.04–2004.10   美国宾夕法尼亚州立大学,访问博士后

    2003.06–2006.12   中国科学院植物研究所,副研究员

    2006.12–今        中国科学院植物研究所,研究员

    2007.06–今        中国科学院植物研究所,博士生导师

    2008.07–今        进化发育与调控基因组学责任研究组,组长

    2011.08–今        系统与进化植物学国家重点实验室,副主任、主任

    2012.11–今        系统学与进化发育研究群,领衔科学家

学术兼职

  现任中国植物学会副秘书长、系统与进化植物学专业委员会主任,Front Plant Sci 和《生物多样性》副主编,New Phytol、J Integr Plant Biol和《科技导报》编委。

科研项目

    中国科学院王宽诚率先人才计划卢嘉锡国际团队项目“植物 发育、分化与适应性进化国际团队”(GJTD-2020-05; 300万; 2021.01-2023.12)。

    国家自然科学基金重点项目“毛茛科植物花瓣蜜距起源和多样化的分子机制研究”(31930008; 直接经费307万; 2020.01-2024.12)。

    中国科学院基础前沿科学研究计划从0到1原始创新项目“叶性器官形状和结构的复杂化和多样化:从数学模拟到分子机制的解析”(ZDBS-LY-SM002; 300万; 2019.09-2024.09)。

    中国科学院战略性先导科技专项(B类)之子课题“花瓣形态和结构多样化的遗传基础”(XDB27010304; 直接经费225万; 2018.06-2023.05)。

    国家自然科学基金“微进化过程的多基因作用机制”重大研究计划之集成项目“新性状起源的分子机制和叠加效应研究——以黑种草属植物花瓣的表型复杂化为例”(91631308; 直接经费275万; 2017.01- 2019.12)。

    国家自然科学基金重点项目“毛茛科植物花瓣形态和结构的适应性进化及其分子机制研究”(31330007; 320万; 2014.01- 2018.12)。

    中国科学院科技创新交叉与合作团队项目“Eco-Evo-Devo与Genomics创新团队”(100万; 2013.01-2015.12)。

    国家杰出青年科学基金项目“植物进化与发育”(31125005; 240万; 2012.01- 2015.12)。

    科技部重大科学研究计划项目“植物减数分裂过程中染色体相互作用的分子机理”之课题“减数分裂共性和特性的分子基础”(2011CB944604; 428万; 2011.01-2015.08)。

    国家自然科学基金面上项目“重复基因在编码区分化的机制及其进化意义的研究”(30970210; 35万; 2010.01-2012.12)。

    中国科学院知识创新工程重要方向项目“花部性状发育和演化的遗传调控及其分子机制”(KSCX2-YW-R-135; 100万; 2007.01-2010.12)。

    国家自然科学基金重点项目“基部真双子叶植物中A、B、C和E类MADS-box基因的进化”(30530090; 160万; 2006.01-2009.12)。

    中国科学院植物研究所领域前沿项目“植物进化过程中关键性状的进化发育遗传学研究”(100万; 2005.12-2008.11)。

    国家自然科学基金委面上项目“金粟兰中5个MADS-box基因的功能与进化研究”(30470116; 21万; 2005.01-2007.12)。

    国家自然科学基金委创新研究群体项目“植物进化机制的进化发育生物学研究”之子课题“AP3类MADS-box基因的功能及其进化研究”(30121003; 35万; 2005.01-2006.12)。

    国家自然科学基金委主任基金项目“被子植物中最简单的花的发育与进化”(30240002; 15万; 2002.05-2003.05)。

    国家自然科学基金委青年科学基金项目“金粟兰科的系统发育和分子生物地理学研究”(30100011; 19万; 2002.01-2004.12)。

人才培养
  
    
       学 年                        
       2003-  AP1/SQUAMADS-box基因的结 构、功能和进化研究   已转博   孔宏智
       2004-  金粟兰科的系统发育和分子生物地理学研究   已转博   孔宏智
  徐桂霞   2005-  MADS-box基因的重复与结构和功能分化研究   已转博   孔宏智
  薛皓月   2005-  花发育调控网络中关键结点基因的进化   已毕业   孔宏智
       2006-  LEAFY基因的调控与进化研究     孔宏智
  国春策   2006-  毛茛科植物花瓣的发育和演化研究     孔宏智
       2007-       孔宏智
       2008-       孔宏智
       

 

    
  李贵生   2001-2005  金粟兰花器官特征基因CsAP1CsAP3CsSEP3的结构、功能和进化研究   中科院遗传所 
  助理研究员
路安民  孟     孔宏智
 山红艳     2002-2006  三叶木通花发育相关基因的结构、功能和进化研究   中科院植物所 
  助理研究员
陈之端  孟     孔宏智
 苏坤梅    2003-2007  金粟兰 中花发育相关基因的结构、功能和进化研究   天津工业大学 
  讲师
陈之端  孟     孔宏智
  刘翠晶   2004-2008  领春木花发育相关基因的结构、功能和进化研究   吉林农业大学 
  讲师
  陈之端
  孔宏智
       2003-  AP1/SQUAMADS-box基因的结构、功能和进化研究     陈之端
  孔宏智
       2004-  金粟兰科的系统发育和分子生物地理学研究     陈之端 
  孔宏智
       2006-  花发育调控网络的进化动态研究     陈之端 
  孔宏智
  贾瑞冬   2006-  AGL6MADS-box基因的进化研究     陈之端 
  孔宏智
       2007-  C类和EMADS-box基因的协同进化研究     孔宏智
       2008-       孔宏智
主要成绩

1.  花的进化发育遗传学

    1)从十余种基部被子植物和基部真双子叶植物中分离得到了一百多个与花部器官发生和发育有关的MADS-box基因,分析了这些基因的序列结构,并对部分基因的表达模式、功能和在蛋白质水平上的相互作用进行了研究,发现基部被子植物和基部真双子叶植物中的基因比它们在核心真双子叶植物中的同源基因有更广的表达和功能范围,并结合形态学资料探讨了花部结构起源和早期分化的分子机理(The Plant Journal 2005, 43: 724-744; Development Genes and Evolution 2005, 215: 437-449; Development Genes and Evolution 2006, 216: 785-795)。

    2)在对SEP类MADS-box基因的研究中,发现了几次分别与被子植物、核心真双子叶植物和禾本科植物起源有关的基因重复事件,鉴定和命名了两个结构上比较保守的蛋白质基元(即SEP1基元和SEP2基元),揭示了重复基因在序列结构、表达模式和功能上的异同,提出和确认了“被子植物、核心真双子叶植物和禾本科植物的起源可能与A、B、C和E类MADS-box基因的重复、结构改变和协同进化有关”的论点(Genetics 2005, 169: 2209-2223)。

    3)在对AP1类MADS-box基因的研究中,从基部真双子叶植物中发现了一个能够通过可变剪接(alternative splicing)产生两种类型蛋白质的基因,澄清和纠正了前人在系统发育分析中的错误,命名了一个结构上比较保守的蛋白质基元(即FUL基元),并系统地总结和描述了该类基因在序列结构、表达模式和功能上的进化规律,提出了“基部被子植物和基部真双子叶植物中FUL型的AP1类MADS-box基因可能并不决定花被形成”的论点,探讨了可变剪接在基因结构和功能分化中的重要意义(Molecular Phylogenetics and Evolution 2007, 44: 26-41)。

    4)深入研究了水稻中AP1AP3PIAGAGL11AGL2AGL9等七类MADS-box基因的进化历史,揭示了一些与基因组加倍和禾本科起源有关的基因重复事件,并发现内含子序列的外显子化(exonization)和外显子序列的假外显子化(pseudoexonization)是重复基因在编码区发生结构分化的基本式样(Journal of Integrative Plant Biology 2007, 49: 760-768)。

    目前正在开展基部真双子叶植物花部结构的多样化机制和核心真双子叶植物花部结构的起源机制的研究。

 

2. 核基因家族和调控网络的进化

    1)在对SKP1基因家族的研究中,发现真核生物、原生生物、真菌、动物、植物和被子植物的祖先中分别仅有一个基因拷贝,揭示了这些基因在进化速率上的高度异质性(rate heterogeneity),总结了进化速率与保守程度的相关性,并就如何提高分子系统发育和进化分析的可信度问题进行了深入探讨(Molecular Biology and Evolution 2004, 21: 117-128)。

    2)对SKP1基因家族的进一步研究发现该类基因在被子植物中的进化是一个快速的生与死(birth-and-death的过程,新基因产生的速率比平均水平高十倍以上,新基因产生的基本式样是串联重复(tandem duplication)和反转录转座(retroposition),而非片段重复(segmental duplication),这与在其他基因家族中报道的以串联重复和片段重复为主的情形是很不相同的(The Plant Journal 2007, 50: 873-885)。

    3)在对Cyclin基因家族的研究中,发现和命名了4个植物特有的基因类型,并通过对序列结构、表达模式和系统发育的分析,揭示了所有10类基因结构变异和功能分化的基本格局,建立了系统发育的基本框架(Plant Physiology 2004, 135: 1084-1099)。

    4)在对recA/RAD51基因家族的研究中,揭示出一次发生在古细菌和真核生物分化之前的基因重复事件和五次发生在真核生物起源之前的基因重复事件,不但澄清了各类基因间的系统发育关系,还发现植物中的recA基因可能是从蓝细菌和原细菌中经内共生性横向基因转移(endosymbiotic horizontal gene transfer)获得的(Proceedings of the National Academy of Sciences USA 2006, 103: 10328-10333)。

    目前正在对与蛋白质降解、细胞周期和减数分裂等重要生命活动有关的基因和调控网络的进化进行研究。

 

3.  植物系统发育和分子生物地理学

    1)在对形态性状的变异式样进行观察和分析的基础上,完成了金粟兰属植物的世界性分类修订,确认该属在全世界仅有10个种(博士学位论文Acta Phytotaxonomica Sinica 2000, 38: 355-365)。

    2)对草珊瑚属(Sarcandra)和金粟兰属(Chloranthus)植物进行了细胞分类学研究,发现了一些有重要分类学价值的染色体性状,并据此探讨了金粟兰科的属间关系以及金粟兰属的种间关系(Botanical Journal of the Linnean Society 2000, 132: 327-342)。

    3)在光学显微镜和扫描电镜下对金粟兰科植物的叶表皮微形态进行了观察,发现、描述和报道了一系列新的形态学性状和解剖学性状(Botanical Journal of the Linnean Society 2001, 136: 281-296)。

    4)对金粟兰属植物花部器官发生和发育的全过程进行了观察,澄清了该属植物雄蕊的形态学本质(Plant Systematics and Evolution 2002, 232: 181-188)。

    5)利用多基因序列对金粟兰属植物进行了分子系统学研究,并结合其他方面的资料,提出了该属一个新的分类系统,阐明了该属植物雄蕊的起源和演化(Acta Botanica Sinica 2000, 42: 762-764; American Journal of Botany 2002, 89: 940-946)。

    6对东亚特有的星叶草属(Circaeaster,星叶草科)和羽叶点地梅属(Pomatosace,报春花科)进行了细胞分类学研究(Acta Phytotaxonomica Sinica 1997, 35: 494-499; Acta Phytotaxonomica Sinica 1999, 37: 445-450)。

论文专著

研究论文(注*为通讯作者)

  2020

  83. Liu P., Zhang X., Mao J., Hong Y., Zhang R., E Y., Nie S., Jia K., Jiang C., He J., Shen W., He Q., Zheng W., Abbas S., Jewaria P. K., Tian X., Liu C., Jiang X., Yin Y., Liu B., Wang L., Jin B., Ma Y., Qiu Z., Balu?ka F., ?amaj J., He X., Niu S., Xie J., Xie L., Xu H., Kong H., Ge S., Dixon R. A., Jiao Y.*; Lin J.*, 2020. The Tetracentron genome provides insight into the early evolution of eudicots and the formation of vessel elements. Genome Biology 21: 291.

  82. Duan X., Zhao C., Jiang Y., Zhang R., Shan H.*, Kong H.*, 2020. Parallel evolution of apetalous lineages within the buttercup family (Ranunculaceae): outward expansion of AGAMOUS1, rather than disruption of APETALA3-3. The Plant Journal 104: 1169-1181.

  81. Zhang R., Fu X., Zhao C., Cheng J., Liao H., Wang P., Yao X., Duan X., Yuan Y., Xu G., Kramer E. M., Shan H., Kong H.*, 2020. Identification of the key regulatory genes involved in elaborate petal development and specialized character formation in Nigella damascena (Ranunculaceae). The Plant Cell 32: 3095-3112. (Commented by Chris Whitewoods, 2020. A Damascene moment: the genetic basis of complex petals in Nigella. The Plant Cell 32: 3041-3042; recommended by PHYS.ORG: https://phys.org/news/2020-08-uncovering-developmental-mechanisms-elaborate-petals.html)

  80. Zhang R., Min Y., Holappa L. D., Walcher-Chevillet C. L., Duan X., Donaldson E., Kong H., Kramer E. M.*, 2020. A role for the Auxin Response Factors ARF6 and ARF8 homologs in petal spur elongation and nectary maturation in Aquilegia. New Phytologist 227: 1392-1405.

  79. Jiang Y., Wang M., Zhang R., Xie J., Duan X., Shan H., Xu G.*, Kong H.*, 2020. Identi?cation of the target genes of AqAPETALA3-3 (AqAP3-3) in Aquilegia coerulea (Ranunculaceae) helps understand the molecular bases of the conserved and nonconserved features of petals. New Phytologist 227: 1235-1248.

  78. Xie J., Zhao H., Li K., Zhang R., Jiang Y., Wang M., Guo X., Yu B., Kong H.*, Jiao Y.*, Xu G.*, 2020. A chromosome-scale reference genome of Aquilegia oxysepala var. kansuensis. Horticulture Research 7: 113.

  77. Liao H., Fu X., Zhao H., Cheng J., Zhang R., Yao X., Duan X., Shan H., Kong H.*, 2020. The morphology, molecular development and ecological function of pseudonectaries on Nigella damascena (Ranunculaceae) petals. Nature Communications 11: 1777. (Recommended by Faculty Opinions: https://facultyopinions.com/prime/737746780 and Plant Science Research Weekly of Plantae; featured article of Nature communications: https://www.nature.com/collections/jgjcebchgg)

  76. Zhang J., Fu X., Li R., Zhao X., Liu Y., Li M., Zwaenepoel A., Ma H., Goffinet B., Guan Y., Xue J., Liao Y., Wang Q., Wang Q., Wang J., Zhang G., Wang Z., Jia Y., Wang M., Dong S., Yang J., Jiao Y., Guo Y., Kong H., Lu A., Yang H., Zhang S.*, Van de Peer Y.*, Liu Z.*, Chen Z.*, 2020. The hornwort genome and early land plant evolution. Nature Plants 6: 107-118.

  75. Zhang L.*, Chen F., Zhang X., Li Z., Zhao Y., Lohaus R., Chang X., Dong W., Ho S. Y. W., Liu X., Song A., Chen J., Guo W., Wang Z., Zhuang Y., Wang H., Chen X., Hu J., Liu Y., Qin Y., Wang K., Dong S., Liu Y., Zhang S., Yu X., Wu Q., Wang L., Yan X., Jiao Y., Kong H., Zhou X., Yu C., Chen Y., Li F., Wang J., Chen W., Chen X., Jia Q., Zhang C., Jiang Y., Zhang W., Liu G., Fu J., Chen F., Ma H., Van de Peer Y., Tang H., 2020. The water lily genome and the early evolution of flowering plants. Nature 577: 79-84.

  2019

  74. Shan H., Cheng J., Zhang R., Yao X., Kong H.*, 2019. Developmental mechanisms involved in the diversification of flowers. Nature Plants 5: 917-923.

  73. Yao X., Zhang W., Duan X., Yuan Y., Zhang R., Shan H., Kong H.*, 2019. The making of elaborate petals in Nigella through developmental repatterning. New Phytologist 223: 385-396.

  72. Zhai W., Duan X., Zhang R., Guo C., Li L., Xu G., Shan H., Kong H.*, Ren Y.*, 2019. Chloroplast genomic data provide new and robust insights into the phylogeny and evolution of the Ranunculaceae. Molecular Phylogenetics and Evolution 135: 12-21.

  71. 王宏哲, 张睿, 程劼, 段晓姗, 赵慧琪, 山红艳, 孔宏智*, 2019. 花基本结构的多样性及其分子机制. 中国科学:生命科学 49: 292-300.

  2018

  70. 陈凡, 钱前, 王台, 董爱武, 漆小泉, 左建儒, 杨淑华, 林荣呈, 萧浪涛, 顾红雅, 陈之端, 姜里文, 白永飞, 孔宏智, 种康, 2018. 2017年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 53: 391-440.

  69. Zhang L., Kong H., Ma H., Yang J.*, 2018. Phylogenomic detection and functional prediction of genes potentially important for plant meiosis. Gene 643: 83-97.

  2017

  68. Harkess A., Zhou J., Xu C., Bowers J. E., Van der Hulst R., Ayyampalayam S., Mercati F., Riccardi P., McKain M. R., Kakrana A., Tang H., Ray J., Groenendijk J., Arikit S., Mathioni S. M., Nakano M., Shan H., Telgmann-Rauber A., Kanno A., Yue Z., Chen H., Li W., Chen Y., Xu X., Zhang Y., Luo S., Chen H., Gao J., Mao Z., Pires J. C., Luo M., Kudrna D., Wing R. A., Meyers B. C., Yi K., Kong H., Lavrijsen P., Sunseri F., Falavigna A., Ye Y.*, Leebens-Mack J. H.*, Chen G.*, 2017. The asparagus genome sheds light on the origin and evolution of a young Y chromosome. Nature Communications 8:1279.

  67. Kramer E. M.*, Kong H., Rausher M. D., 2017. Plant evolutionary developmental biology. Introduction to a special issue. New Phytologist 216: 335-336.

  66. 王小菁, 萧浪涛, 董爱武, 王台, 钱前, 漆小泉, 陈凡, 左建儒, 杨淑华, 顾红雅, 陈之端, 姜里文, 白永飞, 孔宏智, 种康, 2017. 2016年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 52: 394-452.

  65. 山红艳, 孔宏智*, 2017. 花是如何起源的?科学通报 62: 2323-2334.

  64. Huang J., Li Z., Biener G., Xiong E., Malik S., Eaton N., Zhao C. Z., Raicu V., Kong H., Zhao D.*, 2017. Carbonic anhydrases function in anther cell differentiation downstream of the receptor-like kinase EMS1. The Plant Cell 29: 1335-1356.

  2016

  63. 杨淑华, 王台, 钱前, 王小菁, 左建儒, 顾红雅, 姜里文, 陈之端, 白永飞, 孔宏智, 陈凡, 萧浪涛, 董爱武, 种康, 2016. 2015年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 51: 416-472.

  62. Ye L., Wang B., Zhang W., Shan H.*, Kong H.*, 2016. Gains and losses of cis-regulatory elements led to divergence of the Arabidopsis APETALA1 and CAULIFLOWER duplicate genes in the time, space, and level of expression and regulation of one paralog by the other. Plant Physiology 171: 1055-1069. (Commented by Günter Thei?en and Francois Parcy at Flowering Highlights; recommended by F1000Prime: https://facultyopinions.com/prime/726292577; Top Topics from 2016 of Plant Physiology)

  61. Yu X., Duan X., Zhang R., Fu X., Ye L., Kong H., Xu G.*, Shan H.*, 2016. Prevalent exon-intron structural Changes in the APETALA1/FRUITFULL, SEPALLATA, AGAMOUS-LIKE6, and FLOWERING LOCUS C MADS-box gene subfamilies provide new insights into their evolution. Frontiers in Plant Science 7: 598.

  60. Wang P., Liao H., Zhang W., Yu X., Zhang R., Shan H., Duan X., Yao X., Kong H.*, 2016. Flexibility in the structure of spiral flowers and its underlying mechanisms. Nature Plants 2: 15188. (Commented by Douglas E. Soltis, 2016. Diversification of the flower. Nature Plants 2: 15211.)

  59. 孔宏智*, 2016. 生物多样性事业呼唤对物种概念和物种划分标准的深度讨论. 生物多样性 24: 977-978.

  2015

  58. 种康, 王台, 钱前, 王小菁, 左建儒, 顾红雅, 姜里文, 陈之端, 白永飞, 杨淑华, 孔宏智, 陈凡, 萧浪涛, 2015. 2014年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 50: 412-459.

  57. Li L., Yu X., Guo C., Duan X., Shan H., Zhang R., Xu G., Kong H.*, 2015. Interactions among proteins of floral MADS-box genes in Nuphar pumila (Nymphaeaceae) and the most recent common ancestor of extant angiosperms help understand the underlying mechanisms of the origin of the flower. Journal of Systematics and Evolution 53: 285-296.

  2014

  56. Li H., Meng F., Guo C., Wang Y., Xie X., Zhu T., Zhou S., Ma H., Shan H.*, Kong H.*, 2014. MeioBase: a comprehensive database for meiosis. Frontiers in Plant Science 5: 728.

  55. Zeng L., Zhang Q., Sun R., Kong H., Zhang N.*, Ma H.*, 2014. Resolution of deep angiosperm phylogeny using conserved nuclear genes and estimates of early divergence times. Nature Communications 5: 4956.

  54. Jia R., Guo C., Xu G., Shan H., Kong H.*, 2014. Evolution of the cyclin gene family in plants. Journal of Systematics and Evolution 52: 651-659.

  53. 袁明, 瞿礼嘉, 王小菁, 钱前, 杨维才, 王台, 孔宏智, 蒋高明, 种康, 2014. 2013年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 49: 347-406.

  52. 孔宏智*, 2014. 从基因组到多样性. 生物多样性 22: 1-2.

  51. 张睿*, 国春策, 山红艳, 孔宏智, 2014. 发育重塑与生物多样性. 生物多样性 22: 66-71.

  50. 国春策*, 张睿, 山红艳, 孔宏智, 2014. 调控进化与形态多样性. 生物多样性 22: 72-79.

  2013

  49. 钱前, 瞿礼嘉, 袁明, 王小菁, 杨维才, 王台, 孔宏智, 蒋高明, 种康, 2013. 2012年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 48: 231-287.

  48. Amborella Genome Project, 2013. The Amborella genome and the evolution of flowering plants. Science 342: 1241089.

  47. Zhang R., Guo C., Zhang W., Wang P., Li L., Duan X., Du Q., Zhao L., Shan H., Hodges S. A., Kramer E. M., Ren Y.*, Kong H.*, 2013. Disruption of the petal identity gene APETALA3-3 is highly correlated with loss of petals within the buttercup family (Ranunculaceae). Proceedings of the National Academy of Sciences USA 110: 5074-5079.

  46. Kahloul S., El Beji I. H. S., Boulaflous A., Ferchichi A., Kong H., Mouzeyar S.*, Bouzidi M. F., 2013. Structural, expression and interaction analysis of rice SKP1-like genes. DNA Research 20: 67-78.

  2012

  45. 瞿礼嘉, 钱前, 袁明, 王小菁, 杨维才, 王台, 孔宏智, 蒋高明, 种康, 2012. 2011年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 47: 309-356.

  44. Wang B., Zhang N., Guo C., Xu G., Kong H., Shan H.*, 2012. Evolutionary divergence of the APETALA1 and CAULIFLOWER proteins. Journal of Systematics and Evolution 50: 502-511.

  43. 孔宏智*, 2012. 生物多样性是如何产生的?生物多样性 20: 117-118.

  42. Xu G., Guo C., Shan H., Kong H.*, 2012. Divergence of duplicate genes in exon–intron structure. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 109: 1187-1192.

  2011

  41. 袁明, 王小菁, 钱前, 杨维才, 瞿礼嘉, 王台, 孔宏智, 许亦农, 蒋高明, 种康, 2011. 2010年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 46: 233-275

  40. Liu Y., Guo C., Xu G., Shan H., Kong H.*, 2011. Evolutionary pattern of the regulatory network for flower development: insights gained from a comparison of two Arabidopsis species. Journal of Systematics and Evolution 49: 528-538.

  39. Zhang Q., Antonelli A., Feild T.S., Kong H.*, 2011. Revisiting taxonomy, morphological evolution, and fossil calibration strategies in Chloranthaceae. Journal of Systematics and Evolution 49: 315-329.

  38. Sharma B., Guo C., Kong H., Kramer E. M.*, 2011. Petal-specific subfunctionalization of an APETALA3 paralog in the Ranunculales and its implications for petal evolution. New Phytologist 191: 870-883.

  37. 李安, 徐桂霞, 孔宏智*, 2011. F-box基因拷贝数目变异的机制研究:以12种果蝇为例. 生物多样性19: 3-16.

  2010年及以前

  36. Liu C., Zhang J., Zhang N., Shan H., Su K., Zhang J., Meng Z., Kong H.*, Chen Z.*, 2010. Interactions among proteins of floral MADS-box genes in basal eudicots: implications for evolution of the regulatory network for flower development. Molecular Biology and Evolution 27: 1598-1611.

  35. Gao X., Liang W., Yin C., Ji. S., Wang H., Su X., Guo C., Kong H., Xue H., Zhang D.*, 2010. The SEPALLATA-Like gene OsMADS34 is required for rice inflorescence and spikelet development. Plant Physiology 153: 728-740.

  34. 薛皓月, 徐桂霞, 国春策, 山红艳, 孔宏智*, 2010. 拟南芥和琴叶拟南芥中MADS-box基因的比较进化分析. 生物多样性 18: 109-119.

  33. Li H., Liang W., Jia R., Yin C., Zong J., Kong H., Zhang D.*, 2009. The AGL6-like gene OsMADS6 regulates floral organ and meristem identities in rice. Cell Research 20: 299-313.

  32. 王台, 钱前, 袁明, 王小菁, 杨维才, 瞿礼嘉, 孔宏智, 许亦农, 蒋高明, 种康, 2010. 2009年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 45: 265-306.

  31. Shan H., Zahn L., Guindon S., Wall P. K., Kong H., Ma H., dePamphilis C. W., Leebens-Mack J.*, 2009. Evolution of plant MADS-box transcription factors: evidence for shifts in selection associated with early angiosperm diversification and concerted gene duplications. Molecular Biology and Evolution 26: 2229-2244.

  30. 杨维才, 瞿礼嘉, 袁明, 王小菁, 王台, 孔宏智, 许亦农, 蒋高明, 种康, 2009. 2008年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 44: 379-409.

  29. Wang X., Kong H., Ma H.*, 2009. F-box proteins regulate ethylene signaling and more. Genes & Development 23: 391-396.

  28. Xu G., Ma H., Nei M.*, Kong H.*, 2009. Evolution of F-box genes in plants: different modes of sequence divergence and their relationships with functional diversification. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 106: 835-840.

  27. 瞿礼嘉, 王小菁, 王台, 杨维才, 许亦农, 袁明, 蒋高明, 孔宏智, 种康, 2009. 2007年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学报 44: 2-26.

  26. Su K., Zhao S., Shan H., Kong H., Lu W., Theissen G., Chen Z.*, Meng Z.*, 2008. The MIK region rather than the C-terminal domain of AP3-like class B floral homeotic proteins determines functional specificity in the development and evolution of petals. New Phytologist 178: 544-558.

  25. Quan L., Xiao R., Li W., Oh S.-A., Kong H., Ambrose J. C., Malcos J. L., Cyr R., Twell D., Ma H.*, 2008. Functional divergence of the duplicated AtKIN14a and AtKIN14b genes: critical roles in Arabidopsis meiosis and gametophyte development. The Plant Journal 53: 1013-1026.

  24. Zhu X., Chase M. W., Qiu Y., Kong H., Dilcher D. L., Li J., Chen Z.*, 2007. Mitochondrial matR sequences help to resolve deep phylogenetic relationships in rosids. BMC Evolutionary Biology 7: 217.

  23. Shan H., Zhang N., Liu C., Xu G., Zhang J., Chen Z.*, Kong H.*, 2007. Patterns of gene duplication and functional diversification during the evolution of the AP1/SQUA subfamily of plant MADS-box genes. Molecular Phylogenetics and Evolution 44: 26-41.

  22. Xu G., Kong H.*, 2007. Duplication and divergence of floral MADS-box genes in grasses: evidence for the generation and modification of novel regulators. Journal of Integrative Plant Biology 49: 927-939.

  21. 种康, 瞿礼嘉, 袁明, 王小菁, 杨维才, 王台, 许亦农, 蒋高明, 孔宏智, 2007. 2006年中国植物科学若干领域重要研究进展. 植物学通报 24: 253-271.

  20. Kong H.*, Landherr L. L., Frohlich M. W., Leebens-Mack J., Ma H., dePamphilis C. W.*, 2007. Patterns of gene duplication in the plant SKP1 gene family in angiosperms: evidence for multiple mechanisms of rapid gene birth. The Plant Journal 50: 873-885.

  19. Shan H., Su K., Lu W., Kong H., Chen Z.*, Meng Z.*, 2006. Conservation and divergence of candidate class B genes in Akebia trifoliata (Lardizabalaceae). Development Genes and Evolution 216: 785-795.

  18. Lin Z., Kong H., Nei M.*, Ma H.*, 2006. Origins and evolution of the recA/RAD51 gene family: Evidence for ancient gene duplication and endosymbiotic gene transfer. Proceedings of the National Academy of Sciences USA 103: 10328-10333.

  17. Kim S.*, Koh J., Yoo M.-J., Kong H., Hu Y., Ma H., Soltis P. S., Soltis D. E.*, 2005. Expression of floral MADS-box genes in basal angiosperms: Implication for the evolution of floral regulators. The Plant Journal 43: 724-744.

  16. Li G., Meng Z.*, Kong H., Chen Z., Theissen G., Lu A.*, 2005. Characterization of candidate class A, B and E floral homeotic genes from the perianthless basal angiosperm Chloranthus spicatus (Chloranthaceae). Development Genes and Evolution 215: 437-449.

  15. Zahn L. M., Kong H. (equal contribution), Leebens-Mack J. H., Kim S., Soltis P. S., Landherr L. L., Soltis D. E., dePamphilis C. W., Ma H.*, 2005. The Evolution of the SEPALLATA subfamily of MADS-box genes: A pre-angiosperm origin with multiple duplications throughout angiosperm history. Genetics 169: 2209-2223.

  14. Wang G., Kong H. (equal contribution), Sun Y., Zhang X., Zhang W., Altman N., dePamphilis C. W., Ma H.*, 2004. Genome-wide analysis of the cyclin family in Arabidopsis and comparative phylogenetic analysis of plant cyclin-like proteins. Plant Physiology 135: 1084-1099.

  13. Kong H., Leebens-Mack J., Ni W., dePamphilis C. W., Ma H.*, 2004. Highly heterogeneous rates of evolution in the SKP1 gene family in plants and animals: functional and evolutionary implications. Molecular Biology and Evolution 21: 117-128.

  12. Li G., Meng Z.*, Kong H., Chen Z., Lu A.*, 2003. ABC model and floral evolution. Chinese Science Bulletin 48: 2415-2421 (in Chinese); 48: 2651-2657 (in English)

  11. Zhang F., Kong H., Ge S.*, 2003. Allozyme variation and population differentiation of the Aconitum delavayi complex (Ranunculaceae) in the Hengduan Mountains of China. Biochemical Genetics 41: 47-55.

  10. Kong H.*, Lu A., Endress P. K., 2002. Floral organogenesis of Chloranthus sessilifolius, with special emphasis on the morphological nature of the androecium of Chloranthus (Chloranthaceae). Plant Systematics and Evolution 232: 181-188.

  09. Kong H.*, Chen Z., Lu A., 2002. Phylogeny of Chloranthus (Chloranthaceae) based on nuclear ribosomal ITS and plastid trnL-F sequence data. American Journal of Botany 89: 940-946.

  08.刘建全, 何亚平, 孔宏智, 2002. 大吴风草属、假橐吾属花粉表面纹饰及其分类学意义. 西北植物学报 22: 33-36.

  07. Kong H.*, 2001. Comparative morphology of leaf epidermis in the Chloranthaceae. Botanical Journal of the Linnean Society 136: 279-294.

  06. Kong H., 2000. Taxonomic notes on Chloranthus henryi Hemsl. and its allies. Acta Phytotaxonomica Sinica 38: 355-365.

  05. 钱韦*, 孔宏智, 刘忠, 杨冬之, 2000. 评统一进化理论——与陈继明先生商榷. 科学通报45: 885-889.

  04. Kong H., Chen Z., 2000. Phylogeny in Chloranthus Swartz (Chloranthaceae) inferred from sequence analysis of nrDNA ITS region. Acta Botanica Sinica 42: 762-764.

  03. Kong H.*, 2000. Karyotypes of Sarcandra Gardn. and Chloranthus Swartz (Chloranthaceae) from China. Botanical Journal of the Linnean Society 133: 327-342.

  02. Kong H.*, Liu J., 1999. Karyomorphology of the genus Pomatosace Maxim. (Primulaceae). Acta Phytotaxonomica Sinica 37: 445-450.

  01. Kong H., Yang Q.*, 1997. Karyomorphology and relationships of the genus Circaeaster Maxim. Acta Phytotaxonomica Sinica 35: 494-499.

 

专著(注*为通讯作者)

  01. Soltis D. E.*, Albert V. A., Kim S., Yoo M. J. , Soltis P. S., Frohlich M. W., Leebens-Mack J., Kong H., Wall K., dePamphilis C. W., Ma H., 2005. Evolution of the Flower. In Plant Diversity and Evolution: Genotypic and Phenotypic Variation in Higher Plants, Ed. Henry R. J.. CABI Publishers pp. 165-200.

个人影集
ENGLISH

位于北京西部香山脚下的中国科学院植物研究所是我国系统与进化生物学领域的第一个国家重点实验室

版权所有 © 系统与进化植物学国家重点实验室[中国科学院植物研究所]
ICP备16067583号-12 网站管理 技术支持:青云软件

联系我们

  • 地址:北京市海淀区 香山南辛村20号
  • 邮编:100093
  • 电话:010-6283 6086
  • 传真:010-6283 6095
  • 电邮:lseb@ibcas.ac.cn

语言切换