实验室不仅注重研究工作的积累与自主创新，而且高度重视与国内外同行的交流和合作研究。目前，实验室与美国密苏里植物园、密西根州立大学、密西根大学、哈佛大学、佛罗里达大学、史密森研究院、宾夕法尼亚州立大学、北卡州立大学、日本广岛大学、英国邱园、爱丁堡植物园和自然历史博物馆、德国马普协会、俄罗斯柯马洛夫植物研究所等国际学术机构建立了长期的合作关系。同时，与北京大学、复旦大学、浙江大学、上海交通大学、中山大学、武汉大学、西北大学、陕西师范大学、东北师范大学、北京林业大学、中国林业科学研究院以及中国科学院昆明植物研究所、武汉植物园、华南植物园、遗传与发育生物学研究所、昆明动物研究所等数十个单位有着实质性的合作关系。

　　实验室通过开放课题、访问学者、举办国际性和区域性学术会议等多种方式，充分发挥平台和学术引领功能，对植物进化生物学研究起到了积极推动作用。