实验室重视国内外学术交流与合作，在多年工作实践中积累了丰富经验。目前已经在本学科领域的一些合作研究中起主导作用。据统计，2006年至2012年度，出访他国执行合作研究和参加学术会议的实验室科研人员超过130人次，来访的外国专家学者近200人次。

　　实验室瞄准国际系统和进化植物学研究的生长点，在分子生物学和化石植物生物学和环境变迁等领域开展了一系列国际合作。合作研究中既有以外方资助为主的项目，也启动了以我实验室或国内经费资助为主的重要科学计划。实验室已经与美国、英国、瑞典、比利时、日本、印度、尼泊尔、缅甸、不丹等国的植物学家在编研中国和特定自然区域植物志、研究地质历史时期中国古环境演化和探讨生命现象中基本科学问题等方面展开了深入的合作研究。已完成和正在执行的主要国际合作项目有：

　　《泛喜马拉雅植物志》的编研，本实验室2009年发起的重大国际研究计划，与英国、日本、美国、印度、尼泊尔等国合作；

　　英文版《Flora of China》， 与美国密苏里植物园合作； 

　　中日共有植物遗传资源的细胞遗传学与分子遗传学”，与日本广岛大学合作；

　　稻属的系统和进化生物学”，与美国密西根州立大学合作； 

　　被子植物基部类群的结构、分化与演化”，与美国佛罗里达大学自然历史博物馆及美国麻省大学生物学系合作； 

　　被子植物主要类群的分子系统学及保护生物学研究”，与英国邱园合作； 

　　苦苣苔科花对称性的进化发育生物学研究”，与英国爱丁堡大学和爱丁堡植物园合作；

　　豆科植物系统学及数据库”， 与俄罗斯柯马洛夫植物研究所及日本文部省合作； 

　　兰科兜兰属植物野外居群研究及滇黔桂石灰岩地区兰科植物多样性及保育研究”，与英国皇家植物邱园合作； 

　　化石植物生物学和环境变迁”，与德、法、英、俄、波兰、瑞典和美国等国广泛合作。

　　五千五百万年前古新世-始新世暖期中国哺乳动物的起源和古环境演化，与比利时皇家自然科学研究所合作；

　　泛喜马拉雅植物志的预研，与缅甸、尼泊尔植物资源部标本馆等合作；

　　华南地区始新世植物多样性及古环境背景，与奥地利维也纳大学合作；

　　喜马拉雅的隆起对东亚及东南亚蕨类植物分化的影响，与大英自然历史博物馆合作。

　　实验室科研人员认真总结科研成果和产出，在发表高质量科研文章的同时注重和国内外同行的交流与讨论。实验室成员积极参加本学科领域的国际、国内学术会议，并应邀在多个有影响力的会议上做特邀报告和专题报告。

  奖励与荣誉   

　　Peter H. Raven是全球植物多样性和保护研究的领军人物，是中国科学院的外籍院士。作为本实验室的海外学术顾问，他多年来非常关注实验室的科研工作和运行管理，为实验室发展提出了很多建设性的意见，并提供了实质性帮助。同时，Peter H. Raven博士一直担任Flora of China的外方主编，在与中国植物学界的长期合作中取得了丰硕成果。经实验室和中科院植物所共同推荐，他荣获2009年度“中国科学院国际科技合作奖”，是目前获得该奖项的第一位生物学领域国际知名学者。2010年9月，他荣获中国政府授予来华工作外国专家的国家级最高奖项“中华人民共和国友谊奖”。