系统与进化植物学国家重点实验室现有固定人员89人，其中研究人员61人，包括研究员26人（中国科学院院士1人，博士生导师25人）， 副研究员22人，助理研究员13人；技术管理人员31人，高级工程（实验）师16人，工程（实验）师15人。 国家杰出青年基金获得者5人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人。研究队伍年龄结构合理，70％以上的研究人员年龄在45岁以下，是一支老中青结合、 结构合理、学术水平高的精干队伍。洪德元院士是国内外知名的老一代学者，在系统与进化植物学研究领域做出了开拓性的卓越贡献，分别于1997年获得“何梁何利基金科学与技术进步奖，2001年当选为第三世界科学院院士。 2008年从德国引进贺超英博士，组建了功能进化发育生物学研究组，开展果实进化发育的基因调控等研究；2010年从美国引进桑涛教授，开展进化功能基因组学和作物驯化生物学研究；2011年从德国引进郭亚龙博士，组建了进化基因组学与遗传学研究组，开展自交不亲和系统的进化及物种形成、自然变异及适应性进化等研究；2015年从美国引进焦远年博士，成立了生物信息学和植物基因组进化研究组，开展进化基因组学、生物信息学和群体基因组学等方面研究；2019年从英国引进徐波博士，成立了植物登陆与早起演化研究组；2020年从英国引进董阳博士，成立了器官形态建成与进化研究组。