研究领域和目前正在从事利用大规模的分子序列信息，探讨植物类群的进化历史，并试图揭示一些重要的生物学现象和过程，如杂交/渐渗，快速物种形成，多倍体物种进化、基因组的动态变化等。近几年的研究工作主要是基于系统发育基因组和进化基因组的方法，利用基因组水平的海量数据来探讨稻属各类群之间的进化关系、分化时间、多倍体物种形成、以及植物基因组的遗传和表观遗传变异等。
6. “稻属BBCC多倍体亚基因组间的基因表达分化及其分子机制”，国家自然科学基金面上项目，资助金额61万元（2017.01–2020.12），主持人。
5.“稻属BBCC异源多倍体的基因组变异和进化机制研究”，国家自然科学基金青年项目，资助金额24万元（2014.01–2016.12），主持人。
4. “水稻耐旱性状分子模块系统解析”，中科院战略性先导科技专项（A类），资助金额1755万（2013.01–2017.12），参加人。
3.“适应性辐射过程中物种的基因组动态及适应机制”，国家自然科学基金重大项目课题三，资助金额30万元（2009.01–2013.12），子课题主持人。
2. “稻属的祖先居群大小及物种分化时间初探”，国家重点实验室自主选题项目，资助金额15万元（2009.01–2010.12），主持人。
1. “中科院院长奖获得者科研启动专项资金”，资助金额10万元（2009.01–2010.12），主持人。
Zou XH, Du YS, Wang X, Wang Q, Zhang B, Chen JF, Chen MS, Doyle JJ, Ge S. 2021. Genome evolution in Oryza allopolyploids of various ages: Insights into the process of diploidization. Plant Journal 105: 721-735.
Zhang W, Sun YZ, Liu J, Xu C, Zou XH, Chen X, Liu YL, Wu P, Yang XY, Zhou SL. 2021. DNA barcoding of Oryza: conventional, specific, and super barcodes. Plant Molecular Biology 105: 215–228.
Cai Z, Zhou L, Ren NN, Xu X, Liu R, Huang L, Zheng XM, Meng QL, Du YS, Wang MX, Geng MF, Chen WL, Jing CY, Zou XH, Guo J, Chen CB, Zeng HZ, Liang YT, Wei XH, Guo YL, Zhou HF, Zhang FM, Ge S. 2019. Parallel Speciation of Wild Rice Associated with Habitat Shifts. Molecular Biology and Evolution 36: 875-889.
Zou XH, Du YS, Tang L, Xu XW, Doyle JJ, Sang T, Ge S. 2015. Multiple origins of BBCC allopolyploid species in the rice genus (Oryza). Scientific Reports 5: 14876.
Tang L, Zou XH, Zhang LB, Ge S. 2015. Multilocus species tree analyses resolve the ancient radiation of the subtribe Zizaniinae (Poaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution 84: 232-239 (Co-first author).
Zhou SL, Zou XH, Zhou ZQ, Liu J, Xu C, Yu J, Wang Q, Zhang DM, Wang XQ, Ge S, Tao S, Pan KY, Hong DY. 2014. Multiple species of wild tree peonies gave rise to the ''king of flowers'', Paeonia suffruticosa Andrews. Proceedings of the Royal Society B 281:20141687 (Co-first author)
Zou XH, Yang Z, Doyle JJ, Ge S. 2013. Multilocus estimation of divergence times and ancestral effective population sizes of Oryza species and implications for the rapid diversification of the genus. New phytologist 198: 1155-1164.
Zang LL, Zou XH, Zhang FM, et al. 2011. Phylogeny and species delimitation of the C-genome diploid species in Oryza. Journal of Systematics and Evolution 49: 386-395
Tang L, Zou XH, Achoundong G, Potgieter C, Second G, Zhang DY, Ge S. 2010. Phylogeny and biogeography of the rice tribe (Oryzeae): evidence from combined analysis of 20 chloroplast fragments. Molecular Phylogenetics and Evolution 54: 266-277.
Zou XH, Ge S. 2008. Conflicting gene trees and phylogenomics. Journal of Systematics and Evolution 46: 795-807.
Zou XH, Zhang FM, Zhang JG, Zang LL, Tang L, Wang J, Sang T, Ge S. 2008. Analysis of 142 genes resolves the rapid diversification of the rice genus. Genome Biology 9: R49.
位于北京西部香山脚下的中国科学院植物研究所是我国系统与进化生物学领域的第一个国家重点实验室
