国家自然科学基金委面上项目“防己科的系统发育和时空演化：整合现生和化石类群” (No. 32170210; 2022.01-2025.12; 直接经费58万), 主持人

　　国家自然科学基金委国际(地区)合作与交流项目“毛茛科物种水平的系统发育与形态性状的进化研究” (No. 32011530072; 2020.07–2022.06; 14.6万), 主持人

　　中国科学院战略性科技先导专项（B 类）“大尺度区域生物多样性格局与生命策略” (XDB31030000; 2018.07–2023.6)，主持课题“亚热带森林生物多样性形成和演化规律” (1463万)

　　国家自然科学基金委面上项目“罂粟科植物的系统发育和时空演化” (No. 31770231; 2018.01–2021.12; 直接经费60万), 主持人

　　国家自然科学基金委面上项目“白刺科系统发育与生物地理研究” (No. 31770233; 2018.01–2021.12; 直接经费60万), 主持人

　　中国科学院战略性科技先导培育专项（B 类）“大尺度区域生物多样性格局与生命策略” (XDPB020304; 2017.07–2018.7)，主持子课题“亚热带常绿阔叶林的起源和环境驱动力” (40万)

　　中国科学院大学科教融合人才经费（院人才专项）（2015；1.75万），主持人

　　国家自然科学基金委面上项目“防己科的系统发育和多样化与现代热带雨林的起源和进化” (No. 31470315; 2015.01–2018.12; 92万), 主持人

　　中国科学院青年创新促进会专项经费(2014.01–2017.12; 40万), 主持人

　　国家科技部重大科学研究计划项目“西南山地典型生态系统植物多样性对气候变化的响应” (2014CB954100; 2014.01–2018.8)，三级课题负责人(70万)

　　国家自然科学基金委面上项目“毛茛科植物的系统发育和多样化：生态机会和关键创新” (No. 31270269; 2013.01–2016.12; 80万), 主持人

　　国家自然科学基金委青年项目“快速辐射类群毛茛亚科植物的系统发育研究” (No. 30800059; 2009.01–2011.12; 21万), 主持人

　　国家自然科学基金委重大项目“禾本科植物的适应性辐射及其进化机制” (No. O3111A2001; 2010.01–2013.12), 主持子课题“禾本科适应性辐射与其他生物类群相关性及协同进化的研究” (40万)

　　中国科学院知识创新工程重要方向项目“DNA条形码与类群分子系统进化研究” (No. KSCX2-EW-Z-2; 2011.01–2013.12), 主持子课题“广义五味子科的DNA条形码和系统发育” (20万)

　　中国科学院大科学装置开放研究项目“植物DNA条形码研究” (No. 2009-LSF-GBOWS-01; 2009.07–2011.06), 主持子课题“木通科植物DNA条行码研究” (7.875万)

　　系统与进化植物学国家重点实验室青年项目“毛茛目叶绿体基因组测序与进化速率异质性的研究” ( 2008.01–2009.12; 15万), 主持人

　　中国科学院国际合作局对外合作重点项目“印度尼西亚热带植物分类调查与生命之树重建的合作研究” (No. GJH Z201321; 2013.09–2016.09; 110万; 主持人: 张献春)，参加人

　　国家自然科学基金委国际(地区)合作与交流项目“东喜马拉雅-横断山与台湾种子植物区系的联系和进化机制研究” (No. 31061160184; 2010.07–2013.06; 120万; 主持人: 孙航)，参加人

　　国家自然科学基金委重点基金项目“生命之树共生固氮植物支系重要类群的起源、分化和环境制约 ” (No. 40830209; 2009.01–2012.12; 170万; 主持人: 李德铢)，参加人

　　中国科学院知识创新工程重要方向项目“动、植物若干类群的分子系统发育” (No. KSCXZ-YW-R-136; 2007.01–2010.12; 120万; 主持人: 陈之端)，参加人

　　国家自然科学基金委重点基金项目“重要药用植物类群亲缘学的形态学和分子系统学的证据” (No. 30530860; 2006.01–2009.12; 160万; 主持人: 肖培根)，参加人