[1] “濒危物种矮牡丹的生殖生物学研究”，国家基金委“八五”重大项目，“中国主要濒危植物保护生物学研究”，(1993.1-1997.12)，参加者。

　　[2] “中国植物志(兰科卷)”，国家基金委“八五”重大项目，“三志编写”，参加者。

　　[3] “原始被子植物起源和演化”，科学院重大项目和科学院资源与生态环境研究重点项目，参加者。

　　[4] “横断山脉地区种子植物区系中的特有现象和物种形成机制的研究”，科学院重大项目和科学院资源与生态环境研究重点项目，参加者。

　　[5] “长江流域陆生维管束植物编目”，国家重点基础研究发展规划项目(长江流域生物多样性变化、可持续利用与区域生态安全)，参加者。

　　[6] “舌喙兰属(兰科)的系统学研究”，中英联合项目，（1995-1999），资助金额5千英镑，主持者。

　　[7] “中国兰科植物集贸市场和地下贸易的调查”， 中国濒管办CITES项目，（1998-2000），资助金额3万元，主持者。

　　[8] “兰花与昆虫传粉和与真菌共生的机理及其进化意义”，科技部国际科技合作重点项目计划“物种多样性形成和维持的机制与重要生物资源的研究和保护”，（批准号: 2001BC003）(2002.04-2007.03)，资助金额32万元，主持人。

　　[9] “极端环境下高山物种的生殖适应”，中国科学院知识创新工程重要方向项目“青藏高原极端环境下重要植物类群进化适应机制研究”，（批准号: KSCX-SW-106）(2002.10-2006.10)，资助金额15万元，主持人。

　　[10] “国产兰族植物属级分类问题的研究”，国家自然科学基金面上项目，（批准号:30270104）（2003.01-2005.12），资助金额16万元，主持人。

　　[11] “中国西部高原植物克隆生活史的适应对策”，国家自然科学基金重点项目“西部高原植物克隆生活史的适应进化”，（批准号: 30330130）（2004.01-2007.12），资助金额15万元，主持人。

　　[12] “中国杓兰属植物资源状况和开发现状调查研究”，云南省林业厅，（2004.05-2005.6），资助金额6万元，主持人。

　　[13] “被子植物基部类群中一种推定的新的传粉系统”，国家自然科学基金专项基金项目，（批准号: 30540007）（2006.01-2006.12），资助金额12万元，主持人。

　　[14] “中国现有各级自然保护区兰科植物保护现状调查和评估”，中华人民共和国林业局野生动植物保护司，（2006.04-2007.12），资助金额10万元，主持人。

　　[15] “青藏高原同域分布物种生殖隔离机制研究”，中国科学院知识创新工程重要方向项目“青藏高原代表性植物类群的演变与分子生态学研究”，（批准号: kzcx2-yw-415）(2007.01-2009.12)，资助金额30万元，主持人。

　　[16] “我国兜兰属植物野生资源自然恢复状况和保存现状的调查”，中华人民共和国林业局野生动植物保护司，（2007.04-2008.04），资助金额10万元，主持人。

　　[17] “特化传粉系统中花部特征进化与传粉者选择之间地理作用的关系：基于兰科无苞杓兰果蝇特化传粉的研究”，国家自然科学基金面上项目，（批准号:30770379）（2008.01-2010.12），资助金额30万元，主持人。

　　[18] “重要兰科植物的繁育技术示范”，十一五国家科技支撑项目“中国重要生物物种资源监测和保育关键技术与应用示范”课题五“珍稀濒危鸟类和植物繁育技术与示范”。（批准号：2008BAC39B05）（2008.01-2011.12），资助金额133万元，主持人。

　　[19] “石斛等兰科植物野生资源和人工种植与贸易现状的调查和评估”，中华人民共和国林业局野生动植物保护司，（2009.01-2009.12），资助金额20万元，主持人。

　　[20] “兰科杓兰亚科传粉者转换和花部性状进化关系的探讨”，国家自然科学基金面上项目，（批准号: 30970203）（2010.01-2012.12），资助金额30万元，主持人。

　　[21] “兰科植物国情报告”，中国科学院知识创新工程重要方向项目“重要CITES附录物种资源评估及致危机理” （批准号: KSCS2-EW-Z-4-1）(2011.0101-2013.12.31)，资助金额30万元，主持人。

　　[22] “我国传统藏药‘手掌参’类野生兰科植物资源和利用现状调查“，中华人民共和国林业局野生动植物保护司，（2011.01 – 2011.12），资助金额8万元，主持人。

　　[23] “重要珍稀兰科植物资源的可持续利用技术体系应用与示范”，十二五国家科技支撑项目“生物多样性保护与濒危物种保育技术研究及示范” 课题五“珍稀植物资源保育与可持续开发利用技术及应用”。（批准号：2012BAC01B05-3）（2012.01-2014.12），资助金额50万元，主持人。

　　[24] “产卵地欺骗传粉机制及传粉者的代价：以兰科杓兰亚科兜兰属植物为例”，国家自然科学基金面上项目，（批准号: 31270430）（2013.01-2013.12），资助金额15万元，主持人。

　　[25] “中国兰科植物贸易和产业发展调查评估”，国家林业局濒危物种进出口管理中心，（2014.12-2016.5），资助金额30万元，主持人。

　　[26] “欺骗传粉系统中传粉者适合度损失的实证研究” ，国家自然科学基金面上项目，（批准号: 31470278）（2015.01-2018.12），资助金额90万元，主持人。

　　[27] “兰花-果蝇传粉系统中花部气味信号与传粉者嗅觉系统作用机制及适应性进化式样的研究”，国家自然科学基金面上项目，（批准号: 31670231）（2017.01-2020.12），资助金额62万元（直接经费），主持人。

　　[28] “传粉果蝇在复杂嗅觉气味环境下对花多种气味信号的行为决策及其神经回路的研究”，国家自然科学基金青年科学基金，（批准号: 31700198）（2018.01-2020.12），资助金额24万元（直接经费），参加者。

　　[29] “花食物报酬对传粉蝇类访花行为的影响和调控机制”，国家自然科学基金面上项目，（批准号: 32070255）（2021.01-2024.12），资助金额58万元（直接经费），主持人。

　　[30] “学习记忆作用对传粉者花忠实性的调控机制”，国家自然科学基金面上项目，（批准号: 32070256）（2021.01-2024.12），资助金额58万元（直接经费），参加者。