系统与进化植物学重点实验室位于北京西部香山脚下的中国科学院植物研究所，是我国系统与进化生物学领域的第一个国家重点实验室。其前身是1987年成立的中国科学院系统与进化植物学开放研究实验室；通过整合植物标本馆（含古植物馆）、植物分类研究室和古植物研究室，于2005年3月成为国家重点实验室。实验室利用我国植物种类丰富、古老和特有类群众多、地理和区域环境特殊等优势，研究植物物种多样性的式样、形成和变化，重建植物的系统发育，揭示生物进化的过程和机制；同时面向国家战略需求，研究重要资源植物的特征变异和遗传背景，尤其是关键性状形成的进化和发育机制，为我国农作物和经济植物的遗传改良及生物多样性保护和可持续利用提供理论指导。

重点实验室现有19个研究组，其中研究员23人，包括中国科学院院士2人，国家“杰出青年基金”获得者5人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选3人。现任学术委员会主任为陈晓亚院士，实验室主任为孔宏智研究员。

重点实验室曾主持和正在主持一系列重大科研项目，包括科技部“973”和国际科技合作重点项目，国家自然科学基金委重大、重点、创新研究群体和重大国际科技合作项目以及中国科学院重大项目等。主持的获奖成果包括国家自然科学一等奖3项、二等奖2项、三等奖多项。主要论文发表在Nature、Nat Commun、Nat Plants、PNAS、Plant Cell、Mol Biol Evol、Genome Biol、Plant J、Mol Ecol、New Phytol、Cladistics、BMC Evol Biol、Mol Phylogenet Evol、Dev Genes Evol、Biol Consev、J Mol Evol、Biol J Linn Soc、Taxon和J Syst Evol等国际著名刊物上。自实验室成立至2020年，实验室已有博士后25人出站，博士研究生271人、硕士研究生176人顺利通过毕业答辩并获得学位。培养的研究生中已有3人获全国优秀博士学位论文奖，3人获中国科学院院长奖学金特等奖，19人获中国科学院院长奖学金优秀奖，以及40人次获其他各类冠名奖。

重点实验室拥有亚洲最大的植物标本馆以及7个专业研究平台、若干套大型仪器和植物生长室。 7个研究平台包括植物图像与智能识别平台、植物物种信息与大数据平台、植物DNA与分子鉴定平台、植物形态与结构平台、植物分子生物学平台、植物基因组与生物信息学平台、植物栽培与功能研究平台；主要大型仪器有第二代DNA 测序仪、单分子测序仪、显微CT 扫描系统、激光定量细胞成像系统、生物分子互作分析仪、冷冻扫描电子显微镜、荧光万能显微镜、超速离心机、实时定量PCR仪、双向电泳系统、分子成像系统、蛋白纯化系统、大型计算机集群等。

系统与进化植物学重点实验室是我国进化生物学研究的重要基地和人才培养基地，其目标是成为该领域在国际上具有重要影响的实验室。