个人简历

鲁迎青

  • 职称:研究员
  • 出生地:
  • 出生年月:
  • 部门:系统与进化植物学国家重点实验室
  • 课题组:生态与进化基因组学创新研究组
  • 职务:
  • 地 址: 北京市海淀区香山南辛村20号
  • 邮政编码: 100093
  • 电 话: (86)-010-62836441
  • 传 真: (86)-010-62836095
  • 电子邮件: yqlu@ibcas.ac.cn
个人简历

  1983年获南京大学学士学位, 1988年获中科院植物所硕士学位, 1995年于美国University of Wisconsin - Madison获生态遗传学博士学位,后分别在University of Wisconsin - Madison和Duke University从事种群遗传和分子进化研究。1998年获美国自然科学基金会Sloan Fellow 资助开展独立研究。2003年回国组建"生态与进化基因组学"研究组,任组长。研究手段涉种群遗传学、生态学、系统学、分子进化、基因组学、植物化学和统计学的理论和方法。目前对以下问题有研究兴趣。

  1花青素代谢途径的进化机制及其对农艺性状的影响

  植物花色的主要生物合成途径是花青素代谢途径。代谢途径的进化是基因组进化的一个重要方面,而花青素代谢途径是研究基础较好的代谢途径,有利于多水平的综合研究。我们与国际合作者在花青素代谢途径进化速率模式、花青素合成的修饰和转运等方面开展探讨。从进化速率出发,我们开始对外界环境、内部表达、选择力量等诸因子对花青素代谢途径的影响进行评估,目的是了解代谢途径的进化机制和生态背景。以花青素代谢途径为麻雀,我们想知道基因组中的代谢途径有怎样的变化规律及其成因。并回答这样的变化对表型的影响程度如何,对农艺性状的影响程度如何等问题。

  2植物繁育系统的基因组学研究及应用价值

  植物繁育系统(Mating systems)远较动物系统复杂,反映了其自身久远的进化历史。繁育系统的进化对基因组结构的影响目前仍是未知的领域。 随着基因组时代的发展,对这一问题的研究将有新的见地出现。我们以往的研究是从居群遗传学的角度说明环境因子对混交系统(mixed-mating)和自交不亲合系统(self-incompatibility)的影响。对这些系统的长期进化研究需要基因组学的手段和方法。由于繁育系统对植物的适应度包括产量有直接影响,我们试图了解这种影响的性质和规律有哪些。

  3入侵植物的生态遗传机制

  入侵物种的发生是出现在我们身边的生态学事件。对入侵物种的生态遗传学研究是生物学家对影响社会发展的生态学事件的自然关注。我们尝试对水生入侵植物凤眼莲进行野外生态遗传学研究,找到一些规律性的现象。有关研究还在进行。

   

  以上研究涉及多学科的合作,我们欢迎各种科研协作以促进相关学科的发展。

主要经历

    主要学历

          1979-1983  南京大学生物系, 学士学位。

          1985-1988  中国科学院植物研究所,硕士学位。

          1989-1995  美国威斯康辛-麦迪逊大学植物系,博士学位。

    主要工作经历

          1983-1985  中国药科大学生药系,助教

          1988-1989  中国科学院植物研究所系统与进化开放实验室,实习研究员

          1989-1990  美国威斯康辛-麦迪逊大学植物标本馆,Project assistant

          1991-1995  美国威斯康辛-麦迪逊大学植物系, Teaching assistant

          1995-1996  美国威斯康辛-麦迪逊大学植物系,Research fellow.

          1996-1998  美国杜克大学生物系,博士后

          1998-2000  美国杜克大学生物系,NSF/Sloan fellow

          2001-2003  美国杜克大学生物系,Research associate

                  2003-现今  中国科学院植物研究所“生态与进化基因组学”研究组组长

学术兼职

           2004-2011      植物分类学报(Journal of Systematics and Evolution)编委

          2003 –2008     中国植物学会 植物分类与进化专业委员会委员

          2006-2010      中国科学院植物研究所学术委员会委员

科研项目

           1. “等位基因在多个基因座上的相互作用及其表型效应”,国家自然科学基金委资助项目(批准号91331116)(2014.01-2016.12),主持人。

           2. “花青素代谢途径的顺反元件和调控模式分析”,国家自然科学基金委资助项目(批准号31070263)(2011.01-2013.12),主持人。

           3. “花青素代谢途径的分子调控及通量分析”, 中国科学院重要方向项目(批准号KSCX2-YW-N-043)(2007.10-2010.10),主持人。

           4. “花青素代谢途径的基因组学分析”, 中国科学院院长基金特别支持项目(批准号171846)(2007.01-2009.12),主持人。

           5. “花青素代谢途径上基因多态与基因功能的关系”, 国家自然科学基金委资助项目(批准号30770176)(2008.01-2008.12),主持人。

           6. “花色素代谢途径上结构基因的进化”, 国家自然科学基金委资助项目(批准号30121003子课题)(2005.09-2007.12),主持人。

           7. “牵牛花色素的自然变异与查尔酮合酶基因进化的关系”, 国家自然科学基金委资助项目(批准号30440029)(2004.01-2004.12),主持人。

人才培养

姓名

攻读学位

毕业时间

杜锦

硕士

2008

王芳

硕士

2008

唐静宇

硕士

2009

陈嘉妮

硕士

2013 

     

王海龙

博士

2013 

     

黄金霞

博士后

2006

任明迅

博士后

2006

主要成绩

    影响混合繁殖系统参数的生态因子( International Journal of Plant Sciences 161: 671-681)

           建立了对混合繁殖系统(mixed-mating)进行直接估算biparental inbreeding的新方法。以自然居群为例说明居群密度对混交系统的影响不仅反映在异交率上,更可能对植物的近交衰退有调节作用。

     闭花受精的选择机制 (Biological Journal of the Linnean Society 75: 543-553)

           发现了闭花受精的自然种群在繁衍方式上的关键式样,建立了有关适应力的新模型,推理出可证伪的关于闭花受精的选择机新假说。开创了一种有效地研究闭花受精植物的生态遗传学方法。

    花青素代谢途径上影响基因进化速率的因素分析 (Molecular Biology and Evolution 20:1844-1853)

           对番薯属内六种植物在三个花青素结构基因位点上的序列进行了采集和分析。对可能影响代谢途径基因的主要进化因素进行了排查,发现负选择的影响是第一位的。从Indel和密码子使用上推测各个位点所受的负选择压力不同而可能造成它们在进化速率上出现差异。提出用最小方差估算进化速率的方法。

    遗传多样性与适应力相关 (American Journal of Botany 92: 990-997)

           以多种数量方法对北美野生水稻种群的生物学和种群遗传学特征进行了相关分析;发现种内的遗传多样性与居群结实率等适应力组分有显著正相关,而且大水体支持的大居群具有更高的遗传多态性。种内居群遗传结构在湖泊中较在河流中更为稳定。

    植物自交不亲合系统位点上遗传多样性成因 (Heredity 96:22-28)

           通过比较两种茄科植物在S位点的等位基因数量和序列上的差异,对自然种群中S等位基因的地理分布、历史种群大小和生活习性等进行了分析,提供了种间遗传多样性与种子传播模式、历史种群规模相关联的证据。其中对历史种群的估算方法是对Coalescence theory的新拓展。这部分工作为探讨自然种群生态变量与其遗传变量之间的关系做了开创性尝试,表明动物对植物的传播方式可以影响到植物种群内的遗传多样性水平。

    自然环境对花青素代谢途径的影响 (Molecular Ecology 18:3857-3871)

           首先建立了圆叶牵牛花色与三种花青素含量之间的关系,然后找到了影响其中最主要成分含量的自然环境因子-花开前三天的大气温度和前五天的紫外强度。并尝试了从花青素代谢途径基因表达和调控上解释花期内单个基因型植株可以产生的花色表型变异。

    建立关于估计基因表达的绝对实时定量方法 (Plant Methods 8:9)

           通过对荧光染料特性的比较和常规cDNA成分的分析,提出定量cDNA的方法和以此为基础的绝对实时定量PCR的方法。与传统的相对定量法比较,该方法的优势是允许测定结果在不同实验之间进行比较。对于研究自然环境下生物系统的基因表达改变、种间表达差异等各类表达模式具有广泛的适用性。

    提出关于转录组数据分析的新方法 (Plant Methods 9:42)

           对组织特异性转录组数据提出结合实验设计和数量分析的新思路,从中获得关于细胞动态的信息。该方法可以广泛用于非模式生物的研究。

论文专著

  Guan, Shan, Lu, Yingqqing. 2013. Dissecting organ-specific transcriptomes through RNA-sequencing. Plant Methods 9: 42.

  Wang, Hailong, Guan, Shan, Zhu, Zhixin, Wang, Yan, Lu, Yingqqing. 2013. A valid strategy for precise identifications of transcription factor binding sites in combinatorial regulation using bioinformatic and experimental approaches.Plant Methods 9: 34.

  Lu, Yingqing, Xie, Lulu, Zhang, Ruijuan. 2012. Environmental regulation of floral color. In Pontarotti (Ed.) Evolutionary Biology: Mechanisms and Trends Springer Heidelberg, pp139-153.

  Lu, Yingqqing, Xie, Lulu, Chen, Jiani. 2012. A novel procedure for absolute real-time quantification of gene expression patterns. Plant Methods 8: 9.

  Lu, Yingqqing, Du, Jin, Tang, Jingyu, Wang, Fang, Zhang, Jie, Huang, Jinxia, Liang, Weifeng, Wang, Liangsheng. 2009. Environmental regulation of floral anthocyanin synthesisin Ipomoea purpurea. Molecular Ecology 18: 3857-3871.

  Lu, Yingqing 2009. Functional significance of genetic polymorphisms. Frontiers of Biology in China 4: 266-270.

  Rausher, Mark D., Lu, Yingqing, Meyer, Kyle 2008.  Variation in Constraint Versus Positive Selection as an Explanation for Evolutionary Rate Variation Among Anthocyanin Genes. Journal of Molecular Evolution 67: 137-144.

  Huang, Jinxia, Wang, Liangsheng, Li, Xiaomei, & Lu, Yingqing.  2006.  Advances in Molecular basis and evolution of floral color variation.  Chinese Bulletin of Botany 23: 321-333.

  Lu, Yingqing.  2006.  Historical events and allelic polymorphism at the gametophytic self-incompatibility locus in Solanaceae.  Heredity 96:22-28.

  Chang, Shu-Mei, Lu, Yingqing, and Rausher, Mark D.  2005.  Neutral evolution of the nonbonding region of the anthocyanin regulatory gene Ipmyb1 in Ipomoea.  Genetics 170: 1967-1978.

  Lu, Yingqing, Waller, Donald M., and David, Peter. 2005.  Genetic variability is correlated with population size and reproduction in American wild-rice (Zizania palustris var. palustris) populations.  American Journal of Botany 92: 990-997.

  Lu, Yingqing and Rausher, Mark D.  2003.  Evolutionary rate variation in anthocyanin pathway genes.  Molecular Biology and Evolution 20:1844-1853.

  Lu, Yingqing  2002.  Molecular evolution at the self-incompatibility locus of Physalis longifolia (Solanaceae).  Journal of Molecular Evolution 54: 784-793.

  Lu, Yingqing  2002.  Why is cleistogamy a selected reproductive strategy in Impatiens capensis (Balsaminaceae)?  Biological Journal of Linnean Society 75: 543-553.

  Lu, Yingqing  2001.  The roles of lineage sorting and phylogenetic relationship in genetic diversity at the gametophytic self-incompatibility locus of Physalis longifolia.  Heredity 86: 195-205.

  Lu, Yingqing  2000.  Effects of density on mixed-mating systems and reproduction in natural populations of Impatiens capensis.  International Journal of Plant Science. 161: 671-681.

  Chen, Yilin, and Lu, Yingqing. 1990.  Six new species of Impatiens from Sichuan.  Acta Botanica Yunnanica. 12(1): 22-30.

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