| 实验室下辖结构植物学室、细胞学室、生化室、分子室、
实验温室和暗室等专业实验室，拥有扫描电子显微镜、荧光万能显微镜、激光共聚焦显微镜、全自动DNA测序仪等一系列大型先进仪器设备。
结构植物学实验室
成立于70年代，现为实验室主要的专业实验室之一，为开展植物分类学（系统学）和进化研究的研究人员和学生提供一个从事植物形态解剖、胚胎、花粉形态及花形态发育研究的实验场所。
主要由切片室、染色室及显微观察室组成，主要仪器设备有切片机2台、磨刀机1台、滑走切片机1台、恒温箱3个、高级显微镜6台及解剖镜3台。
细胞学实验室
主要从事植物的染色体组及基因组系统关系的研究。当前研究工作分为两个方面：一是常规的植物染色体的核型分析，探讨植物染色体的系统及进化意义，在这方面已经积累了极其丰富的资料，发表大量较高水平的论文。细胞室近来开展的另一重要领域研究是植物染色体原位杂交技术（包括荧光原位杂交––FISH和基因组原位杂交––GISH）。原位杂交技术可以实现不同基因或不同基因组在染色体上的物理定位，从而更加直观、方便地了解染色体的组成、进化模式等等。
目前，细胞室利用原位杂交技术已对芍药属（Paeonia）、稻属(Oryza)和松属（Pinus）等进行了研究，研究成果发表在Genome，Theoretical and Applied Gentics
等国际著名刊物上。拥有先进的仪器设备，包括激光共聚焦显微镜、荧光显微镜等，可以满足从器官、组织到细胞乃至基因不同研究层次的需要。
机。
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生化实验室
基于酶基因位点的分子标记技术被广泛应用于系统学分析、群体的遗传结构和进化的研究、群体和物种的遗传多样性评价、
交配系统和父本分析,以及分子生态学等众多的研究领域。同工酶(Isozyme)或等位酶(Allozyme)分析实验室提供酶蛋白的淀粉凝
胶电泳和数据处理。自1993年以来，本实验室已经资助完成了包括从国家重大项目到一般性研究项目约80个研究项目。
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分 子 室
该实验室自1992年开始筹建，现已拥有ABI 377及MegaBACE1000全自动DNA测序仪、多台冷冻离心机、超纯水系统、GelDoc凝胶成像系统、多种型号的PCR仪、DNA杂交炉、冷冻干燥仪、超低温冰箱、专用苹果电脑及各种常规实验设备，能完成DNA指纹分析（RAPD、SSR、ISSR、AFLP等）、分子克隆和DNA序列测定等工作。该室主要开展植物居群遗传学分析、分子系统发育重建、分子进化、分子生物地理学及分子生态学等研究工作，研究成果已在国际著名刊物（PNAS, Mol. Biol. Evol., Genetics, Mol. Phylogenet. Evol., J. Evol. Biol., Mol. Ecol., Theor. Appl. Genet., Amer. J. Bot., Pl. Syst. Evol.等）发表论文数十篇。
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实 验 温 室
主要负责各研究课题所需野生植物材料的栽培、迁地保护、人工杂交实验等工作，提供形态学、解剖学、细胞学、孢粉学、胚胎学、花形态发生、等位酶和分子系统学等实验所需的活体材料。
目前温室主要栽培的植物：苏铁科、金粟兰科、马兜铃科、毛茛科、芍药科、苦苣苔科、茄科、禾本科、百合科及兰科等。
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