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植物标本馆占地面积约1万平方米，至2006年底收藏世界各地腊叶植物标本、种子标本和化石标本约246万号，其中苔藓植物标本29万号、蕨类植物标本15万号、种子植物标本187万号、种子标本8万号和植物化石标本7万号，这是国家极其宝贵的资源财富。同时也是植物分类学、植物地理学、植物系统发育、古植物学、生物多样性管理和保护等其他相关学科研究的重要支撑平台，有着不可替代的作用。植物标本馆在野外考察，采集标本以及植物分类学研究、国民经济服务、科普教育和培养人才等方面发挥了积极的作用，取得了丰硕的成果。标本馆迄今已与国际上41个国家100余个植物标本馆建立了标本借阅与交换业务等合作关系。经过几代植物学工作者的艰辛努力，目前已发展成为具有国际影响的、亚洲最大的植物标本馆，为植物学研究积累了雄厚的研究基础和物质基础。标本馆对国内外开放，每年接待国内外研究人员2000余人次，充分发挥了标本馆的作用与功能。

据统计，我馆馆藏标本含盖了已经完成的80卷126册的巨著《中国植物志》中所记载的全部中国高等植物约为80%的苔藓类、95%的蕨类和80%的种子植物；此外，还妥善保存着1.3万份模式标本,涉及到已发表的7000余个分类群。就馆藏标本数目和整体规模而言，我馆名列亚洲地区植物标本馆之首；就馆藏种子标本的数目而言，我馆位居世界第三，在国内外植物分类学研究领域中，特别是在东亚植物的研究领域中具有举足轻重的地位。

为了保持植物系统学基础性研究工作的优势地位，加强植物分类学的基础研究工作，进一步提高植物标本馆的研究水平和技术管理水平，植物所从2003年7月开始在标本馆设置经典分类学岗位，迄今已有8位经典分类研究人员相继到位，他们研究的类群涉及苔藓植物、蕨类植物、被子植物的菊科、豆科、禾本科、百合科和兰科、植物考据和化石植物。标本馆将在此基础上，逐步完善各大植物类群分类学研究布局，稳定一批高水平的分类学研究队伍，力争在重要的植物科属等关键类群均有国际水平的专家学者。 植物标本数据库作为标本馆建设的重要组成部分，在各级部门的领导和支持下，近年来取得了比较好的进展。

标本馆数据库的结构除了物种数据库、标本录入信息和图像信息外，还包括查询、检索和绘制植物科、属、种的地理分布图等功能。至2006年11月，标本馆数据库总量为：标本信息128万份；图像信息116万张。标本馆数据库的建立，正在或将为广大科研人员的研究工作提供更方便快捷的服务，同时，也为提高标本馆规范化管理水平和提升标本馆的国际地位奠定了重要基础。

标本馆的定位和目标：充分利用现有的人才优势和资源优势，建设成为东亚植物标本的保藏中心和经典分类研究中心，在馆藏标本、研究和管理水平以及硬件建设等方面力争达到国际一流水平。

标本馆的发展规划： 1、通过采集和交换（特别是收集我国没有分布的重要类群）等途径，增加标本馆藏量； 2、建立稳定的经典分类研究队伍，培养后备人才，深入开展植物分类学研究； 3、加快标本馆数据库的建设； 4、进一步加强植物学科普教育基地建设。 水平吸引着众多专家学者，迄今已与39个国家和地区的100余个植物标本馆建立了标本借阅和交换业务，为《中国植物志》等一系列专著的编研、植物学学科的发展和科普教育做出了重要贡献。