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系统与进化植物学国家重点实验室的历史可追溯到 1928年在北平成立的静生生物调查研究所植物部和1929年成立的国立北平研究院植物研究所。二者于1950年合并成立中国科学院植物分类研究所。1953年经中国科学院批准，改名为中国科学院植物研究所后，成立了植物分类研究室。1959年由徐仁研究员（后为中科院院士）创建了古植物学研究室。1987年在原分类室的基础上，经中国科学院批准，成立了系统与进化植物学开放研究实验室，并于2001年改名为“系统与进化植物学重点实验室”。2003年底，由系统与进化植物学重点实验室、植物分类研究室和古植物学研究室共同组建成立了新的系统与进化植物学重点实验室，并于2005年通过了国家科技部专家组论证，成为我国系统与进化生物学领域第一个国家重点实验室。