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我们与国内外相关的研究机构有着广泛的合作和交流，目前与美国、英国、法国、瑞士、瑞典、波兰、德国、荷兰、奥地利、匈牙利、俄罗斯、澳大利亚、日本、韩国等国建立了长期的合作关系。与此同时，与国内一大批研究单位有着实质性的合作关系。
本中心的国家植物标本馆（含古植物馆）已与世界上35个国家的110余家植物学研究机构建立了标本往来的合作关系，并同多个世界级标本馆如英国邱皇家植物（Kew）、荷兰国家植物标本馆、美国哈佛大学、密苏里植物园标本馆、匈牙利自然科学博物馆签立了合作备忘录或姐妹馆协议。
2001－2006年，洪德元院士合作主持了中美重大国际合作项目： Flora of China（中国植物志英文版）。该项目五年来进展顺利，出版了6卷（Vols.5, 6, 8, 9,12，14）文字和6卷图(Vols. 4, 5, 6, 8, 9, 24)，每年均有2－4名作者互访，通过该项目的实施，还培养了一批年青的植物分类学者。
2001－2002年，我室与英国邱园开展的“被子植物主要类群的分子系统学及保护生物学研究”的合作，是中科院与英国皇家学会三年合作交流项目，每年双方互派人员合作研究，进展顺利。
2002－2005年，我室与日本广岛大学开始了第四期合作项目 “中日共有植物遗传资源的细胞遗传学和分子遗传学研究”，进展顺利。
由葛颂研究员主持的国家科技部国际合作重点项目：“物种多样性形成和维持的机制与重要生物资源的研究和保护”在过去利用多基因序列构建稻族和稻属系统发育关系的基础上，进一步揭示了该类群的起源和分子系统发育关系。利用分子证据还探讨了稻属异源多倍体的起源和分化。2006年发表论文12篇，其中SCI刊物论文10篇。6名博士研究生和2名硕士研究生毕业。邀请国外合作者访华5人次，出访6人次。
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