大型仪器

系统与进化植物学国家重点实验室现有3个研究平台:结构植物学与显微成像平台、基因测序与生物信息学平台和分子生物学平台三个平台,共有大型设备40台(套),总价值3200余万元。

(一)结构植物学与显微成像平台

植物形态与结构观察检测平台拥有和完善多尺度、多层次不同植物组织器官结构的表征观察与形态记录手段,建成在超微结构、亚细胞、细胞、组织、器官和个体等一系列水平上的观察、分析和研究平台。通过购置大型先进仪器及重要附件功能的改进,提高仪器的综合性能,发展新的实验手段,具备完成植物(含植物化石)各级结构观察研究工作的能力。

1.高分辨率扫描电子显微镜

放置地点:进化实验室C115电镜室

仪器管理员: 徐秀苹 62836089 邮箱:xpxu@ibcas.ac.cn

英文名称:Hitachi S-4800 Field Emission Scanning Electron Microscope

型号及生产厂家: S-4800,日本日立

设备简介:二次电子像分辨率:1.0 nm(15kv.WD=4mm),放大倍率:20-800.000x (高低倍转换),样品台:五轴马达驱动;

应用范围:新鲜的植物样品经固定、脱水、干燥处理后的电镜观察与研究;花粉、叶表皮、种皮等植物样品材料的常规观察与研究。


收费标准:

分析项目

区域中心内(元)

区域中心外(元)

超高分辨率扫描电子显微镜(日立S—4800)

320元/小时

400元/小时

离子溅射镀膜(日立E1010)

50元/样品台

50元/样品台

临界点干燥仪(日立HCP-2)

200元/次

200元/次


2.高内涵细胞成像系统

放置地点:进化小院高内涵细胞成像室

仪器管理员: 徐秀苹 62836089 邮箱:xpxu@ibcas.ac.cn

英文名称:HCS, High Content System

型号及生产厂家: PE Operetta 英国珀金埃尔默

设备简介PE Operetta 高内涵细胞成像系统基于转盘扫描共聚焦成像平台,在保持细胞结构和功能完整性的前提下,对细胞进行多通道、多靶点的荧光或可见光的全面扫描、检测,经专用分析系统进行多指标在线分析,最终高效率地获取细胞内及细胞间多角度的生物学信息的检测技术。该仪器拥有360–640nm连续波长、多通道滤光片(适于常用的荧光染料)、显微镜模块和高速高分辨率的CCD照相机进行图像的获取,同时还拥有细胞培养模块以进行长时间全自动的实验分析。


收费标准: 区域中心内:320元/小时;区域中心外:400元/小时


3.流式细胞仪

放置地点:进化实验室D204流式细胞仪室

仪器管理员:徐秀苹 62836089 邮箱:xpxu@ibcas.ac.cn

英文名称:BD LSRFortessaTM cell analyzer

型号及生产厂家: BD LSRFortessa 美国BD

设备简介: BD LSRFortessa流式细胞仪用于处于快速直线流动状态中的单列细胞或生物颗粒进行逐个、多参数、快速的定性、定量分析。配有三个固定激光器:488nm,640nm,405nm。

收费标准: 区域中心内:160元/小时;区域中心外:200元/小时


4.显微CT扫描系统

放置地点:进化实验室古植物馆二层 仪器管理员: 徐秀苹 62836089 邮箱:xpxu@ibcas.ac.cn

英文名称:Micro-CT scanner

型号及生产厂家:Bruker SkyScan1172比利时Bruker

设备简介:Bruker SkyScan1172显微CT扫描系统采用微焦点X射线成像原理进行超高分辨率三维成像,可以在不破坏样品(无需染色、无需切片)的情况下,获得高精度(空间分辨率:<1μm)三维图像,显示样品内部详尽的三维信息,并进行结构、密度的定量分析,适用于观察植物化石样品结构和植物活体组织的细胞结构,近年来被广泛应用于结构学、组织学、生物学特别是古生物学等研究领域。


收费标准: 区域中心内:800元/样品(扫描时间2小时以内,含样品三维重构);区域中心外:1000元/样品(扫描时间2小时以内,含样品三维重构)


5.激光显微切割系统

放置地点:进化实验室D203室

仪器管理员: 徐秀苹 62836089 邮箱:xpxu@ibcas.ac.cn

英文名称:laser microdissection system

型号及生产厂家:Leica LMD7000德国徕卡

设备简介: Leica LMD7000激光显微切割系统是在显微镜(明场、相差、荧光)下利用微激光束来捕获切割待分离样品,该系统可实现从非均质样本中快速、准确地分离收集均质、微量的目标样品(组织、细胞团、单细胞甚至染色体等亚细胞结构等微量样品),以满足下一步研究工作的需要,最大限度地避免异质性样本对实验结果造成的干扰、掩盖甚至误导。

收费标准: 区域中心内:240元/小时;区域中心外:300元/小时


6.正置荧光显微镜

放置地点:进化实验室C103结构植物学室

仪器管理员: 温洁 62836437 邮箱:jwen@ibcas.ac.cn

英文名称:Zeiss Axio Imager 1 Upright light microscope

型号及生产厂家:Zeiss Image A1德国蔡司

设备简介: Zeiss Image A1正置荧光显微镜用于明场,相差、荧光和微分干涉观察和图像采集。


收费标准:

分析项目

区域中心内(元)

区域中心外(元)

荧光照相

50元/小时

60元/小时

明场照相

30元/小时

40元/小时


7. 电动正置显微镜

放置地点:进化实验室C103结构植物学室、标本馆、古植物馆和进化小院

仪器管理员: 温洁 蔡清 62836437 62836743 邮箱:caiqing@ibcas.ac.cn , jwen@ibcas.ac.cn

英文名称:Leica DMRBE Light Microscope

型号及生产厂家:Leica DM5000B、Leica DM4000B、Leica M165FC 德国徕卡 尼康SMZ1000 日本尼康

设备简介:电动正置显微镜使用LED光源,支持明场、暗场、荧光、相差等观察方法,适用于对植物细胞、组织结构的透射光微观观察与成像。

收费标准:

分析项目

区域中心内(元)

区域中心外(元)

明场体视镜(LeicaS8APO\尼康SMZ1000)和明场显微镜 Leica DM4000B)

30元/小时

40元/小时

荧光显微镜成像(Leica DM5000B)

50元/小时

60元/小时

荧光体视镜(Leica M165FC)

50元/小时

60元/小时


(二)基因测序与生物信息学平台

生物信息大分子DNA片段分析平台。利用全新DNA测序技术及相关基因与基因组海量数据分析理论和方法,重点研究植物若干大类群的形成和演化,构建植物生命之树,重现和阐明植物进化过程中的重要事件、历程和格局。将基因和基因组测序的前沿技术分析手段应用于相关基础理论研究,解决系统与进化生物学领域中重大科学问题。同时,利用高性能计算平台提供的设备保障和环境支持,升级和扩展现有并行计算集群系统,扩充本地计算和存储能力,应对今后不断增长的生物信息学计算需求。加强解决分子系统学和分子进化、植物比较基因组和基因组进化、群体与数量遗传学、大规模表达数据以及新一代高通量测序数据的处理等多个领域研究工作所需的分析和存储能力。

1. 第二代DNA测序仪

放置地点:进化实验室C217测序室

仪器管理员: 孙艺珍 靳婉青 62836494 邮箱:yzsun@ibcas.ac.cn, sequencejin@ibcas.ac.cn

英文名称:HiSeq 2500 DNA sequencing system

型号及生产厂家:llumina HiSeq2500、Illumina cBot 美国Illumina

设备简介: Illumina HiSeq 2500 DNA测序仪基于边合成边测序(SBS)原理,具有Rapid 和High output两种运行模式,其中Rapid模式: 120 Gb/27小时,最大读长:2 × 150 bp ;High output模式: 600 Gb/11天,最大读长:2 × 100 bp。该系统已成功地应用于人类和若干模式动植物基因组测序、测序法转录组分析、SNP发现与结构变异分析、DNA-蛋白质相互作用分析(ChIP-Seq)、测序法甲基化分析以及小RNA的发现及分析等工作中。


收费标准:

分析项目

区域中心内(元)

区域中心外(元)

DNA library

380元/样品

494元/样品

RNA Direc library

520元/样品

676元/样品

Illumina HiSeq2500(Rapid run(PE100))

28000元/FC(2 lane/FC)或700元/Gb

36400元/FC(2 lane/FC)或910元/Gb

Illumina HiSeq2500 (Rapid run(PE150))

42000元/FC(2 lane/FC)或800元/Gb

54600元/FC(2 lane/FC)或1040元/Gb

High output run(PE100)

15000元/FC(8 lane/FC)或600元/Gb

19500元/FC(8 lane/FC)或780元/Gb


2.基因测序仪

放置地点:进化实验室C217测序室

仪器管理员: 孙艺珍 靳婉青 62836494 邮箱:yzsun@ibcas.ac.cn,sequencejin@ibcas.ac.cn

英文名称:3730XL DNA Analyzer

型号及生产厂家 AB 3730XL美国AB

设备简介:双光束双侧激发激光,光栅分光装置和后置超薄CCD检测成像系统;内置一体化自动进样器及样品孔打孔装置;内置样品板条形码自动识别;含96根毛细管可同时在2.5小时内测定96个样品;自动碱基识别与质量评分判定;新型POP-7液体分离胶;电泳温度范围18-70℃;使用50cm毛细管,可使读序长度达1100bp,精确度800bp以上。使用说明:96个样品一次上样,交样前必须完成所有样品的前期处理,加10ul甲酰胺,混匀,离心,将样品转移至96孔板中,变性。

收费标准: 区域中心内:600元/板(96个样品);区域中心外:800元/板(96个样品)


3. 半导体芯片测序仪

放置地点:进化实验室C216测序室

仪器管理员: 孙艺珍 靳婉青 62836494 邮箱:yzsun@ibcas.ac.cn, sequencejin@ibcas.ac.cn

英文名称:Ion Proton System

型号及生产厂家: LT Ion Proton & LT Ion OneTouch美国life technologies

设备简介: LT Ion Proton测序仪通过半导体传感器芯片实时检测DNA复制期间产生的氢离子浓度,实现对DNA序列的高通量测定,该系统无需激发光源、荧光标记和照相装置,具有准确性高、速度快和运行成本低的优势,单端检测序列可做到200bp;原始数据准确性≥99.5%,一致序列准确性≥99.99%,该系统适用于未知动植物基因组序列的测序、已知基因组序列重测序、mRNA测序分析、染色质免疫共沉淀(ChIP-seq)研究、全转录组测序、表达谱分析,外显子组测序等研究领域。


收费标准:

分析项目

区域中心内(元)

区域中心外(元)

DNA library

360元/样品

468元/样品

RNA Direc library

600元/样品

780元/样品;

LT Ion Proton

7800元/Run或1000元/Gb

10140元/run或1300/ Gb


4. 文库构建相关设备

放置地点:进化实验室C217测序室

仪器管理员: 孙艺珍 靳婉青 62836494 邮箱:yzsun@ibcas.ac.cn, sequencejin@ibcas.ac.cn

英文名称:Library preparation related devices

型号及生产厂家:Covaris M220、Agilent 2100、JENA Tower2.2 QPCR和LT Qubit

设备简介:用于DNA模板生成\文库构建及质量控制


收费标准:

分析项目

区域中心内(元)

区域中心外(元)

Covaris M220

60元/样品

78元/样品

Agilent 2100

20元/样品

26元/样品

JENA Tower2.2 QPCR

60元/样品

78元/样品

LT Qubit

12元/样品

16元/样品


5.浪潮计算集群

放置地点:D101大型机室

仪器管理员: 李哲 62836150 邮箱:lizhe@ibcas.ac.cn

英文名称:Computer cluster

型号及生产厂家:浪潮天梭TS10K 中国浪潮

设备简介:浪潮计算集群包括24个双路计算结点(浪潮刀片服务器NX5440)、一个四路胖结点(浪潮机架式服务器NF8560M2)以及两个管理登录结点(浪潮机架式服务器NF23703)。每个双路计算结点配置两颗Intel Xeon E5-2670 2.60GHz八核心处理器和128GB内存。四路胖结点配置四颗Intel Xeon E7-4820 2.0GHz八核心处理器和512GB内存。超云存储集群包含10台XS7000存储服务器,共可提供1080TB裸容量,聚合带宽超过5GB/s。数据网络采用Infiniband QDR网络,管理网络采用千兆以太网。

分析项目

区域中心内(元)

区域中心外(元)

双路计算节点:

0.05元/核心*小时;配置:双路八核:单节点共计16核心;CPU型号:Intel? Xeon? CPU E5-2670 ,主频 2.60GHz;标配内存:128GB/节点

同区域中心内

胖节点

0.05元/核心*小时;配置:四路八核:单节点共计32核心;CPU型号:Intel? Xeon? CPU E7-4820 ,主频 2.00GHz;标配内存:512GB/节点

同区域中心内

存储系统HASH卷

0.2元/GB*月;高性能集群并行文件系统,高读写性能,仅提供基于RAID的冗余

同区域中心内

存储系统复制卷

0.4元/GB*;高性能集群并行文件系统,同时提供基于RAID的冗余及基于文件系的复制冗余策略

同区域中心内

收费标准:每用户提供100GB初始免费HASH卷存储空间。


(三) 分子生物学研究平台

生物大分子DNA、RNA和蛋白质序列变异、结构和功能分析平台。通过完善检测技术和分析生物大分子在不同时空格局中表达式样的研究能力,重点研究一些特殊表达基因与蛋白质的调控机理、结构形成和功能演化,阐明其结构与功能的演化历史,探讨基因与蛋白质结构与功能进化与植物多样性的进化发育机理等科学问题。

1. 生物分子互作分析仪

放置地点:进化小院

仪器管理员:蔡清 62836743 邮箱:caiqing@ibcas.ac.cn

英文名称:Biomolecular Interaction Analyzer

型号及生产厂家:GE Biacore 3000 美国GE

设备简介:GE Biacore 3000生物分子互作分析仪基于表面等离子共振(SPR)原理,该系统无需标记样品,可实时检测寡核苷酸、多肽和蛋白质等生物分子间特异的相互作用信号和反应过程,以分析蛋白质与蛋白质之间、DNA与蛋白质之间、各种小分子信号物质与受体间的互作信息,并定量计算待测分子间结合的亲和力和动力学数据。

收费标准:区域中心内:120元/小时;区域中心外:200元/小时


2. 气质联用触角电位检测系统

放置地点:进化小院

仪器管理员:张晋丹 62836089 邮箱:jdzhang01@ibcas.ac.cn

英文名称:Agilent 5975C series GC/MSD

型号及生产厂家:Agilent 7890 GC/ 5975c MS detector 美国Agilent

设备简介:Agilent 7890型气相色谱仪(GC)可同时连接三路检测器(FID,MS,EAD),同时检测触角电位和气味分子的理化性质。


收费标准:区域中心内: 40元/小时;区域中心外: 80元/小时


3. 全自动磁珠提取纯化系统

放置地点:进化小院公共实验室

仪器管理员:蔡清 62836743 邮箱:caiqing@ibcas.ac.cn

英文名称:Auto magnetic particle extraction and purification system

型号及生产厂家:Thermo KingFisher Flex 美国Thermo KingFisher

设备简介:KingFisher Flex全自动磁珠提取纯化系统通过特制磁棒吸附、转移和释放特定磁珠,实现与该磁珠结合的DNA/RNA、蛋白或细胞的转移和纯化,该系统的通量(24个样品/次和96个样品/次)、处理样品体积(20-1000μl/孔和200-5000μl/孔)、纯化速度(15-30分钟/反应)、样品得率及纯度等方面均较传统方法有显著优势,尤其适用于从保存时间较长的植物标本或多糖多酚含量较多植物材料中快速、高质量地提取纯化核酸或目的蛋白。


收费标准:区域中心内:60元/小时;区域中心外:100元/小时

4. 毛细管电泳系统

放置地点:D203室

仪器管理员:张晋丹 62836089 邮箱:jdzhang01@ibcas.ac.cn

英文名称:Capillary Electrophoresis Analysis System

型号及生产厂家:Beckman Proteome Lab PA800 plus 美国Beckman/AB SCIEX

设备简介:Proteome Lab PA800 plus毛细管电泳系统配有二极管阵列检测器(波长范围:190~600 nm,波长精度:± 1nm)和紫外/可见检测器(波长范围:190~600 nm,波长:200、214、254、280 nm,波长精度:± 2nm),适用于蛋白质定性定量分析、等电点亚型分布的自动化分析、寡糖分析、糖蛋白的糖基微观不均一性表征及糖谱分析等蛋白质表征和修饰研究等。


收费标准:区域中心内:60元/小时;区域中心外:100元/小时


5. 超速离心机

放置地点:C112室

仪器管理员:张晋丹 62836089 邮箱:jdzhang01@ibcas.ac.cn

英文名称:Optima L-100XP Ultracentrifuge

型号及生产厂家:Beckman Optima L-100XP美国Beckman

设备简介:主要用于生物样品的高效分离纯化和收集制备。(Ⅰ)最高转速:100000 rpm,最大离心力:802,400 × g;(Ⅱ)所配转头:NVT100(近垂直转头)、SW40 Ti(水平转头)、Type100Ti(角转头)、Type70Ti(角转头)。


收费标准:区域中心内:30元/小时;区域中心外:45元/小时


6. 自动化移液工作站

放置地点:C203室

仪器管理员:张晋丹 62836089 邮箱:jdzhang01@ibcas.ac.cn

英文名称:Laboratory Automation Workstation

型号及生产厂家:Beckman Biomek3000美国Beckman

设备简介:主要应用于DNA/RNA提取、质粒提取纯化、PCR反应体系建立及产物纯化、测序反应体系建立及产物纯化、蛋白质纯化、ELISA反应等大通量自动化移液。

加样器种类

P20

P200L

P1000SL

MP20(8道)

MP200(8道)

规格

1-20μl

5-200μl

50-1000μl

1-20μl

5-200μl

说明:L=液面感应功能



收费标准:区域中心内:60元/小时;区域中心外:100元/小时


7. 双向电泳系统(含成像系统)

放置地点:C116室

仪器管理员:张晋丹 62836089 邮箱:jdzhang01@ibcas.ac.cn

英文名称:Two-Dimensional Electrophoresis System (including Molecular Imager system)

型号及生产厂家:BIO-RAD IEF、MP4、ProteanⅡXL、PROTEAN Plus Dodeca Cell、PROTEAN Plus Dodeca Cell、Molecular Imager PharosFX Plus System美国Bio-Rad

设备简介: 1)一向等电聚焦电泳部分为IEF等电聚焦仪。2)二向垂直电泳部分包括MP4多功能微型垂直板电泳系统(1-4块8.6×6.8cm预制胶或 8.3 ×7.3cm手制胶 )、Protean ⅡXL垂直板电泳系统(1-4块18.3 ×20 cm胶 )、PROTEAN Plus Dodeca Cell高通量大型垂直板电泳系统(1-12块20×20.5cm或25×20.5cm预制胶)。3)分子成像系统(Molecular Imager PharosFX Plus System)包括532nm内置激光器、488nm/635nm 外置激光器、Quantity One图像采集和分析软件、PDQuest 高级分析软件。


收费标准:区域中心内:100元/小时;区域中心外:200元/小时


8. 蛋白质纯化系统

放置地点:C116室

仪器管理员:张晋丹 62836089 邮箱:jdzhang01@ibcas.ac.cn

英文名称:Protein purification system

型号及生产厂家:BIO-RAD BioLogic DuoFlow Pathfinder 20 System 美国Bio-Rad

设备简介:1)上样系统包含0.1-5ml固定样品环,AVR7-3自动进样阀用于柱前上样;2)混合器系统配有263μl高精度分析型混合器和750μl半制备型混合器;3)工作站泵系统为F-10梯度泵:0.01-0.0ml/min流速,3500psi压力;4)多波长紫外检测器:190nm-740nm连续可调,4波长同步在线检测,检测范围:0.00001-4.00000AU,波长精度:±1nm;5)电导检测器:0-500ms/cm,满足任何条件下层析高离子强度检测分析要求;6)pH在线检测:0-14,检测另密度:0.01pH单位。


收费标准:区域中心内:20元/小时;区域中心外:30元/小时


9. 荧光分光光度计

放置地点:C110室

仪器管理员:张晋丹 62836089 邮箱:jdzhang01@ibcas.ac.cn

英文名称:Fluorescence analyzer

型号及生产厂家:Hitachi F7000日本Hitachi

设备简介: F-7000荧光分光光度计用于扫描液相荧光标记物所发出的荧光光谱,能提供包括激发光谱、发射光谱以及荧光强度、量子产率、荧光寿命、荧光偏振等的多项物理参数,可提供三维时间扫描模式监控化学反应过程、可用于样品浓度定量、特定分子构象变化的推断等研究。F-7000荧光分光光度计具有灵敏度高、扫描速度快(60000nm/min)、波长测定范围宽(光栅检测模式,激发和发射波长200-900nm)、通量高(4池兼容96孔板检测模式)等优势。


收费标准:区域中心内:30元/小时;区域中心外:60元/小时


10.多功能酶标仪

放置地点:C110室

仪器管理员:张晋丹 62836089 邮箱:jdzhang01@ibcas.ac.cn

英文名称:Multifunctional micro-plate reader

型号及生产厂家:Beckman DTX-880美国Beckman/MD

设备简介:1)拥有紫外光吸收、可见光吸收、辉光发光、荧光(上面读取的荧光和下面读取两种模式)、偏振光、时间分辨荧光等多种检测模式;2)具有多种样品板(48孔、96孔或384孔)类型;3)DTX可以实现终点法、多波长法、动力学、线形和面积扫描等各种测试方法。主要用于:蛋白质、核酸定量;ELISA;酶活性和动力学分析;报告基因分析。


收费标准:区域中心内:30元/小时;区域中心外:45元/小时


11. 荧光定量PCR仪

放置地点:C110室、进化实验室、C202室、C217室

仪器管理员:张晋丹 蔡清 孙艺珍 62836089 62836743 62836494

邮箱:jdzhang01@ibcas.ac.cn, caiqing@ibcas.ac.cn, yzsun@ibcas.ac.cn

英文名称:QPCR System

型号及生产厂家: AB ViiA7、AB StepOne plus、Roche LC96、JENA qTower2.2美国AB、瑞士罗氏、德国耶拿

设备简介:荧光定量PCR仪用于实时监测PCR反应过程的荧光信号,并将该信号转化为可分析的数字信号,以实现对PCR反应起始目的基因的相对或绝对定量。可用于核酸定量、基因表达水平分析、基因突变检测、熔解曲线分析、等位基因鉴定。


收费标准:区域中心内:60元/反应;区域中心外:120元/反应


12. 高速冷冻离心机

放置地点:C111室、进化西区实验室、C203室、C208室

仪器管理员:张晋丹 蔡清 62836089 62836743 邮箱:jdzhang01@ibcas.ac.cn, caiqing@ibcas.ac.cn

英文名称:High speed refrigerated centrifuge

型号及生产厂家:Beckman J26S-XPI、J30I等美国Beckman

设备简介:Beckman J26S-XPI和J30I具有大容量(配有6×500ml转头)、离心效率高(Avanti J-30I最大相对离心力:110,000 × g;Avanti 26S-XPI最大相对离心力:82,000 × g)等优点,用于分离纯化植物各类生物大颗粒和大分子(细胞、亚细胞、DNA、RNA和蛋白质等)。


收费标准:区域中心内:30元/小时;区域中心外:45元/小时